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タイトルMolecular basis of immune evasion by the Delta and Kappa SARS-CoV-2 variants.
ジャーナル・号・ページScience, Vol. 374, Issue 6575, Page 1621-1626, Year 2021
掲載日2021年12月24日
著者Matthew McCallum / Alexandra C Walls / Kaitlin R Sprouse / John E Bowen / Laura E Rosen / Ha V Dang / Anna De Marco / Nicholas Franko / Sasha W Tilles / Jennifer Logue / Marcos C Miranda / Margaret Ahlrichs / Lauren Carter / Gyorgy Snell / Matteo Samuele Pizzuto / Helen Y Chu / Wesley C Van Voorhis / Davide Corti / David Veesler /
PubMed 要旨Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) transmission leads to the emergence of variants, including the B.1.617.2 (Delta) variant of concern that is causing a new wave of ...Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) transmission leads to the emergence of variants, including the B.1.617.2 (Delta) variant of concern that is causing a new wave of infections and has become globally dominant. We show that these variants dampen the in vitro potency of vaccine-elicited serum neutralizing antibodies and provide a structural framework for describing their immune evasion. Mutations in the B.1.617.1 (Kappa) and Delta spike glycoproteins abrogate recognition by several monoclonal antibodies via alteration of key antigenic sites, including remodeling of the Delta amino-terminal domain. The angiotensin-converting enzyme 2 binding affinities of the Kappa and Delta receptor binding domains are comparable to the Wuhan-Hu-1 isolate, whereas B.1.617.2+ (Delta+) exhibits markedly reduced affinity.
リンクScience / PubMed:34751595
手法EM (単粒子)
解像度2.4 - 3.6 Å
構造データ

25263

7so9

EMDB-25263, PDB-7so9:
SARS-CoV-2 S B.1.617.2 delta variant + S2M11 + S2L20 Global Refinement
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.4 Å

25264

7soa

EMDB-25264, PDB-7soa:
SARS-CoV-2 S NTD B.1.617.2 delta variant + S2L20 Local Refinement
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

25265

7sob

EMDB-25265, PDB-7sob:
SARS-CoV-2 S B.1.617.1 kappa variant + S309 + S2L20 Global Refinement
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.4 Å

25266

7soc

EMDB-25266, PDB-7soc:
SARS-CoV-2 S RBD B.1.617.1 kappa variant S309 Local Refinement
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

25267

7sod

EMDB-25267, PDB-7sod:
SARS-CoV-2 S NTD B.1.617.1 kappa variant S2L20 Local Refinement
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

25268

7soe

EMDB-25268, PDB-7soe:
SARS-CoV-2 S B.1.617.1 kappa variant + S2X303 Global Refinement
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

25269

7sof

EMDB-25269, PDB-7sof:
SARS-CoV-2 S NTD B.1.617.1 kappa variant S2X303 Local Refinement
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / delta / spike / antibody / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex / kappa

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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