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Structure paper

タイトルCryo-EM structure of isomeric molluscan hemocyanin triggered by viral infection.
ジャーナル・号・ページPLoS One, Vol. 9, Issue 6, Page e98766, Year 2014
掲載日2014年6月2日
著者Hongtao Zhu / Jun Zhuang / Hongli Feng / Rongfeng Liang / Jiangyong Wang / Lianhui Xie / Ping Zhu /
PubMed 要旨Hemocyanins (Hcs) of arthropods and mollusks function not only as oxygen transporters, but also as phenoloxidases (POs). In invertebrates, PO is an important component in the innate immune cascade, ...Hemocyanins (Hcs) of arthropods and mollusks function not only as oxygen transporters, but also as phenoloxidases (POs). In invertebrates, PO is an important component in the innate immune cascade, where it functions as the initiator of melanin synthesis, a pigment involved in encapsulating and killing of pathogenic microbes. Although structures of Hc from several species of invertebrates have been reported, the structural basis for how PO activity is triggered by structural changes of Hc in vivo remains poorly understood. Here, we report a 6.8 Å cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of the isomeric form of hemocyanin, which was isolated from Abalone Shriveling syndrome-associated Virus (AbSV) infected abalone (Halitotis diversicolor), and build a pseudoatomic model of isomeric H. diversicolor hemocyanin 1 (HdH1). Our results show that, compared with native form of HdH1, the architecture of isomeric HdH1 turns into a more relaxed form. The interactions between certain functional units (FUs) present in the native form of Hc either decreased or were totally abolished in the isomeric form of Hc. As a result of that, native state Hc switches to its isomeric form, enabling it to play its role in innate immune responses against invading pathogens.
リンクPLoS One / PubMed:24887432 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度6.8 Å
構造データ

EMDB-2503:
Cryo-EM Structure of Isomeric Molluscan Hemocyanin Type 1 triggered by viral infection
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.8 Å

由来
  • Haliotis diversicolor (無脊椎動物)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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