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タイトルStructural mechanisms of TRPV6 inhibition by ruthenium red and econazole.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 12, Issue 1, Page 6284, Year 2021
掲載日2021年11月1日
著者Arthur Neuberger / Kirill D Nadezhdin / Alexander I Sobolevsky /
PubMed 要旨TRPV6 is a calcium-selective ion channel implicated in epithelial Ca uptake. TRPV6 inhibitors are needed for the treatment of a broad range of diseases associated with disturbed calcium homeostasis, ...TRPV6 is a calcium-selective ion channel implicated in epithelial Ca uptake. TRPV6 inhibitors are needed for the treatment of a broad range of diseases associated with disturbed calcium homeostasis, including cancers. Here we combine cryo-EM, calcium imaging, and mutagenesis to explore molecular bases of human TRPV6 inhibition by the antifungal drug econazole and the universal ion channel blocker ruthenium red (RR). Econazole binds to an allosteric site at the channel's periphery, where it replaces a lipid. In contrast, RR inhibits TRPV6 by binding in the middle of the ion channel's selectivity filter and plugging its pore like a bottle cork. Despite different binding site locations, both inhibitors induce similar conformational changes in the channel resulting in closure of the gate formed by S6 helices bundle crossing. The uncovered molecular mechanisms of TRPV6 inhibition can guide the design of a new generation of clinically useful inhibitors.
リンクNat Commun / PubMed:34725357 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.43 - 2.85 Å
構造データ

24890

7s88

EMDB-24890, PDB-7s88:
Open apo-state cryo-EM structure of human TRPV6 in glyco-diosgenin detergent
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.69 Å

24891

7s89

EMDB-24891, PDB-7s89:
Open apo-state cryo-EM structure of human TRPV6 in cNW11 nanodiscs
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.54 Å

24892

7s8b

EMDB-24892, PDB-7s8b:
Cryo-EM structure of human TRPV6 in complex with channel blocker ruthenium red
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.43 Å

24893

7s8c

EMDB-24893, PDB-7s8c:
Cryo-EM structure of human TRPV6 in complex with inhibitor econazole
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.85 Å

化合物

ChemComp-Y01:
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト

ChemComp-PCW:
1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / O-(1-O,2-O-ジオレオイル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン / DOPC, リン脂質*YM

ChemComp-POV:
(2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate / リン脂質*YM

ChemComp-CA:
Unknown entry / カルシウムジカチオン

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-R2R:
ruthenium(6+) azanide pentaamino(oxido)ruthenium (1/4/2)

ChemComp-ECL:
1-[(2R)-2-[(4-chlorobenzyl)oxy]-2-(2,4-dichlorophenyl)ethyl]-1H-imidazole / 1-[(βR)-β-(4-クロロベンジルオキシ)-2,4-ジクロロフェネチル]-1H-イミダゾ-ル

ChemComp-CL:
Unknown entry / クロリド

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Transient Receptor Potential V Family Member 6 / TRP / channel / apo / open / human / TRPV6 / cNW11 / nanodiscs / ruthenium red / channel blocker / antagonist / econazole / inhibitor

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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