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タイトルSequential immunization of macaques elicits heterologous neutralizing antibodies targeting the V3-glycan patch of HIV-1 Env.
ジャーナル・号・ページSci Transl Med, Vol. 13, Issue 621, Page eabk1533, Year 2021
掲載日2021年11月24日
著者Amelia Escolano / Harry B Gristick / Rajeev Gautam / Andrew T DeLaitsch / Morgan E Abernathy / Zhi Yang / Haoqing Wang / Magnus A G Hoffmann / Yoshiaki Nishimura / Zijun Wang / Nicholas Koranda / Leesa M Kakutani / Han Gao / Priyanthi N P Gnanapragasam / Henna Raina / Ana Gazumyan / Melissa Cipolla / Thiago Y Oliveira / Victor Ramos / Darrell J Irvine / Murillo Silva / Anthony P West / Jennifer R Keeffe / Christopher O Barnes / Michael S Seaman / Michel C Nussenzweig / Malcolm A Martin / Pamela J Bjorkman /
PubMed 要旨Broadly neutralizing antibodies (bNAbs) against HIV-1 develop after prolonged virus and antibody coevolution. Previous studies showed that sequential immunization with a V3-glycan patch germline- ...Broadly neutralizing antibodies (bNAbs) against HIV-1 develop after prolonged virus and antibody coevolution. Previous studies showed that sequential immunization with a V3-glycan patch germline-targeting HIV-1 envelope trimer (Env) followed by variant Envs can reproduce this process in mice carrying V3-glycan bNAb precursor B cells. However, eliciting bNAbs in animals with polyclonal antibody repertoires is more difficult. We used a V3-glycan immunogen multimerized on virus-like particles (VLPs), followed by boosting with increasingly native-like Env-VLPs, to elicit heterologous neutralizing antibodies in nonhuman primates (NHPs). Structures of antibody/Env complexes after prime and boost vaccinations demonstrated target epitope recognition with apparent maturation to accommodate glycans. However, we also observed increasing off-target antibodies with boosting. Eight vaccinated NHPs were subsequently challenged with simian-human immunodeficiency virus (SHIV), and seven of eight animals became infected. The single NHP that remained uninfected after viral challenge exhibited one of the lowest neutralization titers against the challenge virus. These results demonstrate that more potent heterologous neutralization resulting from sequential immunization is necessary for protection in this animal model. Thus, improved prime-boost regimens to increase bNAb potency and stimulate other immune protection mechanisms are essential for developing anti–HIV-1 vaccines.
リンクSci Transl Med / PubMed:34818054 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度4.5 - 18.4 Å
構造データ

EMDB-24853: Modified BG505 SOSIP-based immunogen RC1 in complex with elicited mAb Ab283MUR Fab and 8ANC195 Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.2 Å

EMDB-24854: Modified BG505 SOSIP-based immunogen RC1 in complex with elicited mAb Ab1170NHP Fab and 8ANC195 Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.5 Å

EMDB-24855: Modified BG505 SOSIP-based immunogen RC1 in complex with Rabbit 2249 post-Prime polyclonal Fabs
手法: EM (単粒子) / 解像度: 18.4 Å

EMDB-24856: Modified BG505 SOSIP-based immunogen RC1 in complex with Rabbit 2249 post-Boost 1 polyclonal Fabs
手法: EM (単粒子) / 解像度: 15.0 Å

EMDB-24857: Modified BG505 SOSIP-based immunogen RC1 in complex with Rabbit 2249 post-Boost 2 polyclonal Fabs
手法: EM (単粒子) / 解像度: 16.0 Å

EMDB-24858: Modified BG505 SOSIP-based immunogen RC1 in complex with Rabbit 2249 post-Boost 3 polyclonal Fabs
手法: EM (単粒子) / 解像度: 15.0 Å

EMDB-24859: Modified BG505 SOSIP-based immunogen RC1 in complex with Rabbit 2249 post-Boost 4 polyclonal Fabs
手法: EM (単粒子) / 解像度: 15.0 Å

EMDB-24860: Modified BG505 SOSIP-based immunogen RC1 in complex with NHP 1 post-Prime polyclonal Fabs
手法: EM (単粒子) / 解像度: 17.0 Å

EMDB-24861: Modified BG505 SOSIP-based immunogen RC1 in complex with NHP 1 post-Boost 1 polyclonal Fabs
手法: EM (単粒子) / 解像度: 17.0 Å

由来
  • Mus musculus (ハツカネズミ)
  • Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
  • Homo sapiens (ヒト)
  • Macaca mulatta (アカゲザル)
  • Oryctolagus cuniculus (ウサギ)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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