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Structure paper

タイトルStructure of putative tumor suppressor ALDH1L1.
ジャーナル・号・ページCommun Biol, Vol. 5, Issue 1, Page 3, Year 2022
掲載日2022年1月10日
著者Yaroslav Tsybovsky / Valentin Sereda / Marcin Golczak / Natalia I Krupenko / Sergey A Krupenko /
PubMed 要旨Putative tumor suppressor ALDH1L1, the product of natural fusion of three unrelated genes, regulates folate metabolism by catalyzing NADP-dependent conversion of 10-formyltetrahydrofolate to ...Putative tumor suppressor ALDH1L1, the product of natural fusion of three unrelated genes, regulates folate metabolism by catalyzing NADP-dependent conversion of 10-formyltetrahydrofolate to tetrahydrofolate and CO. Cryo-EM structures of tetrameric rat ALDH1L1 revealed the architecture and functional domain interactions of this complex enzyme. Highly mobile N-terminal domains, which remove formyl from 10-formyltetrahydrofolate, undergo multiple transient inter-domain interactions. The C-terminal aldehyde dehydrogenase domains, which convert formyl to CO, form unusually large interfaces with the intermediate domains, homologs of acyl/peptidyl carrier proteins (A/PCPs), which transfer the formyl group between the catalytic domains. The 4'-phosphopantetheine arm of the intermediate domain is fully extended and reaches deep into the catalytic pocket of the C-terminal domain. Remarkably, the tetrameric state of ALDH1L1 is indispensable for catalysis because the intermediate domain transfers formyl between the catalytic domains of different protomers. These findings emphasize the versatility of A/PCPs in complex, highly dynamic enzymatic systems.
リンクCommun Biol / PubMed:35013550 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.9 - 3.7 Å
構造データ

24540

7rlt

EMDB-24540, PDB-7rlt:
Structure of ligand-free ALDH1L1 (10-formyltetrahydrofolate dehydrogenase)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

24547

7rlu

EMDB-24547, PDB-7rlu:
Structure of ALDH1L1 (10-formyltetrahydrofolate dehydrogenase) in complex with NADP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

化合物

ChemComp-PNS:
4'-PHOSPHOPANTETHEINE / パンテテイン4′-りん酸

ChemComp-NAP:
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • rattus norvegicus (ドブネズミ)
キーワードCYTOSOLIC PROTEIN / folate metabolism / acyl carrier protein / peptidyl carrier protein

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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