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タイトルDefining variant-resistant epitopes targeted by SARS-CoV-2 antibodies: A global consortium study.
ジャーナル・号・ページScience, Vol. 374, Issue 6566, Page 472-478, Year 2021
掲載日2021年10月22日
著者Kathryn M Hastie / Haoyang Li / Daniel Bedinger / Sharon L Schendel / S Moses Dennison / Kan Li / Vamseedhar Rayaprolu / Xiaoying Yu / Colin Mann / Michelle Zandonatti / Ruben Diaz Avalos / Dawid Zyla / Tierra Buck / Sean Hui / Kelly Shaffer / Chitra Hariharan / Jieyun Yin / Eduardo Olmedillas / Adrian Enriquez / Diptiben Parekh / Milite Abraha / Elizabeth Feeney / Gillian Q Horn / / Yoann Aldon / Hanif Ali / Sanja Aracic / Ronald R Cobb / Ross S Federman / Joseph M Fernandez / Jacob Glanville / Robin Green / Gevorg Grigoryan / Ana G Lujan Hernandez / David D Ho / Kuan-Ying A Huang / John Ingraham / Weidong Jiang / Paul Kellam / Cheolmin Kim / Minsoo Kim / Hyeong Mi Kim / Chao Kong / Shelly J Krebs / Fei Lan / Guojun Lang / Sooyoung Lee / Cheuk Lun Leung / Junli Liu / Yanan Lu / Anna MacCamy / Andrew T McGuire / Anne L Palser / Terence H Rabbitts / Zahra Rikhtegaran Tehrani / Mohammad M Sajadi / Rogier W Sanders / Aaron K Sato / Liang Schweizer / Jimin Seo / Bingqing Shen / Jonne L Snitselaar / Leonidas Stamatatos / Yongcong Tan / Milan T Tomic / Marit J van Gils / Sawsan Youssef / Jian Yu / Tom Z Yuan / Qian Zhang / Bjoern Peters / Georgia D Tomaras / Timothy Germann / Erica Ollmann Saphire /
PubMed 要旨Antibody-based therapeutics and vaccines are essential to combat COVID-19 morbidity and mortality after severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) infection. Multiple mutations in ...Antibody-based therapeutics and vaccines are essential to combat COVID-19 morbidity and mortality after severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) infection. Multiple mutations in SARS-CoV-2 that could impair antibody defenses propagated in human-to-human transmission and spillover or spillback events between humans and animals. To develop prevention and therapeutic strategies, we formed an international consortium to map the epitope landscape on the SARS-CoV-2 spike protein, defining and structurally illustrating seven receptor binding domain (RBD)–directed antibody communities with distinct footprints and competition profiles. Pseudovirion-based neutralization assays reveal spike mutations, individually and clustered together in variants, that affect antibody function among the communities. Key classes of RBD-targeted antibodies maintain neutralization activity against these emerging SARS-CoV-2 variants. These results provide a framework for selecting antibody treatment cocktails and understanding how viral variants might affect antibody therapeutic efficacy.
リンクScience / PubMed:34554826 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度9.0 - 21.0 Å
構造データ

EMDB-24293:
Negative stain EM map of SARS-CoV-2 Spike in complex with human ACE2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-24335:
Negative stain EM map of SARS-CoV-2 Spike in complex with CoVIC-259 IgG
手法: EM (単粒子) / 解像度: 15.0 Å

EMDB-24336:
Negative stain EM map of SARS-CoV-2 Spike in complex with CoVIC-186 IgG
手法: EM (単粒子) / 解像度: 15.0 Å

EMDB-24337:
Negative stain EM map of SARS-CoV-2 Spike in complex with CoVIC-199 IgG
手法: EM (単粒子) / 解像度: 16.0 Å

EMDB-24338:
Negative stain EM map of SARS-CoV-2 Spike in complex with CoVIC-249 IgG
手法: EM (単粒子) / 解像度: 19.0 Å

EMDB-24339:
Negative stain EM map of SARS-CoV-2 Spike in complex with CoVIC-252 IgG
手法: EM (単粒子) / 解像度: 17.0 Å

EMDB-24340:
Negative stain EM map of SARS-CoV-2 Spike in complex with CoVIC-049 IgG
手法: EM (単粒子) / 解像度: 16.0 Å

EMDB-24341:
Negative stain EM map of SARS-CoV-2 Spike in complex with CoVIC-073 scFv
手法: EM (単粒子) / 解像度: 16.0 Å

EMDB-24342:
Negative stain EM map of SARS-CoV-2 Spike in complex with CoVIC-043 IgG
手法: EM (単粒子) / 解像度: 15.0 Å

EMDB-24343:
Negative stain EM map of SARS-CoV-2 Spike in complex with CoVIC-010 IgG
手法: EM (単粒子) / 解像度: 15.0 Å

EMDB-24344:
Negative stain EM map of SARS-CoV-2 Spike in complex with CoVIC-148 IgG
手法: EM (単粒子) / 解像度: 19.0 Å

EMDB-24345:
Negative stain EM map of SARS-CoV-2 Spike in complex with CoVIC-002 Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 16.0 Å

EMDB-24346:
Negative stain EM map of SARS-CoV-2 Spike in complex with CoVIC-80 IgG
手法: EM (単粒子) / 解像度: 15.0 Å

EMDB-24348:
Negative stain EM map of SARS-CoV-2 Spike in complex with CoVIC-081 Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 16.0 Å

EMDB-24349:
Negative stain EM map of SARS-CoV-2 Spike in complex with CoVIC-091 IgG
手法: EM (単粒子) / 解像度: 15.0 Å

EMDB-24350:
Negative stain EM map of SARS-CoV-2 Spike in complex with CoVIC-094 VHH-Fc
手法: EM (単粒子) / 解像度: 16.0 Å

EMDB-24351:
Negative stain EM map of SARS-CoV-2 Spike in complex with CoVIC-096 IgG
手法: EM (単粒子) / 解像度: 19.0 Å

EMDB-24352:
Negative stain EM map of SARS-CoV-2 Spike in complex with CoVIC-250 Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 15.0 Å

EMDB-24353:
Negative stain EM map of SARS-CoV-2 Spike in complex with CoVIC-063 scFv
手法: EM (単粒子) / 解像度: 15.0 Å

EMDB-24354:
Negative stain EM map of SARS-CoV-2 Spike in complex with CoVIC-021 Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-24355:
Negative stain EM map of SARS-CoV-2 Spike in complex with CoVIC-247 IgG
手法: EM (単粒子) / 解像度: 18.0 Å

EMDB-24356:
Negative stain EM map of SARS-CoV-2 Spike in complex with CoVIC-020 Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 16.0 Å

EMDB-24357:
Negative stain EM map of SARS-CoV-2 Spike in complex with CoVIC-090 IgG
手法: EM (単粒子) / 解像度: 21.0 Å

EMDB-24358:
Negative stain EM map of SARS-CoV-2 Spike in complex with CoVIC-147 IgG
手法: EM (単粒子) / 解像度: 19.0 Å

EMDB-24359:
Negative stain EM map of SARS-CoV-2 Spike in complex with CoVIC-246 IgG
手法: EM (単粒子) / 解像度: 19.0 Å

EMDB-24360:
EM map of SARS-CoV-2 Spike in complex with CoVIC-245 IgG
手法: EM (単粒子) / 解像度: 9.0 Å

EMDB-24361:
Negative stain EM map of SARS-CoV-2 Spike in complex with CoVIC-074 IgG
手法: EM (単粒子) / 解像度: 15.0 Å

EMDB-24383:
Negative stain EM map of SARS-CoV-2 Spike in complex with CoVIC-140 IgG
手法: EM (単粒子) / 解像度: 15.0 Å

EMDB-24384:
Negative stain EM map of SARS-CoV-2 Spike in complex with CoVIC-134 IgG
手法: EM (単粒子) / 解像度: 16.0 Å

EMDB-24388:
Negative stain EM map of SARS-CoV-2 Spike in complex with CoVIC-038 IgG
手法: EM (単粒子) / 解像度: 18.0 Å

由来
  • Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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