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タイトルNeutralizing antibodies can initiate genome release from human enterovirus 71.
ジャーナル・号・ページProc Natl Acad Sci U S A, Vol. 111, Issue 6, Page 2134-2139, Year 2014
掲載日2014年2月11日
著者Pavel Plevka / Pei-Yin Lim / Rushika Perera / Jane Cardosa / Ampa Suksatu / Richard J Kuhn / Michael G Rossmann /
PubMed 要旨Antibodies were prepared by immunizing mice with empty, immature particles of human enterovirus 71 (EV71), a picornavirus that causes severe neurological disease in young children. The capsid ...Antibodies were prepared by immunizing mice with empty, immature particles of human enterovirus 71 (EV71), a picornavirus that causes severe neurological disease in young children. The capsid structure of these empty particles is different from that of the mature virus and is similar to "A" particles encountered when picornaviruses recognize a potential host cell before genome release. The monoclonal antibody E18, generated by this immunization, induced a conformational change when incubated at temperatures between 4 °C and 37 °C with mature virus, transforming infectious virions into A particles. The resultant loss of genome that was observed by cryo-EM and a fluorescent SYBR Green dye assay inactivated the virus, establishing the mechanism by which the virus is inactivated and demonstrating that the E18 antibody has potential as an anti-EV71 therapy. The antibody-mediated virus neutralization by the induction of genome release has not been previously demonstrated. Furthermore, the present results indicate that antibodies with genome-release activity could also be produced for other picornaviruses by immunization with immature particles.
リンクProc Natl Acad Sci U S A / PubMed:24469789 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度10.0 - 16.0 Å
構造データ

2397

4c0u

EMDB-2397, PDB-4c0u:
Cryo-EM reconstruction of enterovirus 71 in complex with a neutralizing antibody E18
手法: EM (単粒子) / 解像度: 10.0 Å

2434

4c0y

EMDB-2434, PDB-4c0y:
Cryo-EM reconstruction of empty enterovirus 71 in complex with a neutralizing antibody E18
手法: EM (単粒子) / 解像度: 16.0 Å

2436

4c10

EMDB-2436, PDB-4c10:
Cryo-EM reconstruction of empty enterovirus 71 in complex with a neutralizing antibody E19
手法: EM (単粒子) / 解像度: 13.0 Å

化合物

ChemComp-SPH:
SPHINGOSINE

ChemComp-NA:
Unknown entry / ナトリウムカチオン

ChemComp-CL:
Unknown entry / クロリド

由来
  • mus musculus (ハツカネズミ)
  • human enterovirus 71 (エンテロウイルス)
キーワードVIRUS/IMMUNE SYSTEM / VIRUS-IMMUNE SYSTEM COMPLEX / VIRUS / PATHOGEN / EV71 / ANTIBODY / E18 / NEUTRALIZING

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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