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タイトルStructure of human Ca2.2 channel blocked by the painkiller ziconotide.
ジャーナル・号・ページNature, Vol. 596, Issue 7870, Page 143-147, Year 2021
掲載日2021年7月7日
著者Shuai Gao / Xia Yao / Nieng Yan /
PubMed 要旨The neuronal-type (N-type) voltage-gated calcium (Ca) channels, which are designated Ca2.2, have an important role in the release of neurotransmitters. Ziconotide is a Ca2.2-specific peptide pore ...The neuronal-type (N-type) voltage-gated calcium (Ca) channels, which are designated Ca2.2, have an important role in the release of neurotransmitters. Ziconotide is a Ca2.2-specific peptide pore blocker that has been clinically used for treating intractable pain. Here we present cryo-electron microscopy structures of human Ca2.2 (comprising the core α1 and the ancillary α2δ-1 and β3 subunits) in the presence or absence of ziconotide. Ziconotide is thoroughly coordinated by helices P1 and P2, which support the selectivity filter, and the extracellular loops (ECLs) in repeats II, III and IV of α1. To accommodate ziconotide, the ECL of repeat III and α2δ-1 have to tilt upward concertedly. Three of the voltage-sensing domains (VSDs) are in a depolarized state, whereas the VSD of repeat II exhibits a down conformation that is stabilized by Ca2-unique intracellular segments and a phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate molecule. Our studies reveal the molecular basis for Ca2.2-specific pore blocking by ziconotide and establish the framework for investigating electromechanical coupling in Ca channels.
リンクNature / PubMed:34234349 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.0 - 3.1 Å
構造データ

23867

7mix

EMDB-23867, PDB-7mix:
Human N-type voltage-gated calcium channel Cav2.2 in the presence of ziconotide at 3.0 Angstrom resolution
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

23868

7miy

EMDB-23868, PDB-7miy:
Human N-type voltage-gated calcium channel Cav2.2 at 3.1 Angstrom resolution
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

ChemComp-CA:
Unknown entry / カルシウムジカチオン

ChemComp-Y01:
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル

ChemComp-3PE:
1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / DSPE / リン脂質*YM

ChemComp-PT5:
[(2R)-1-octadecanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phospho / リン脂質*YM

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • conus magus (ヤキイモ)
キーワードTRANSPORT PROTEIN/TOXIN / Cav2.2 / Channels / Calcium Ion-Selective / TRANSPORT PROTEIN-TOXIN complex / drugs / TRANSPORT PROTEIN

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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