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タイトルMapping the catalytic conformations of an assembly-line polyketide synthase module.
ジャーナル・号・ページScience, Vol. 374, Issue 6568, Page 729-734, Year 2021
掲載日2021年11月5日
著者Dillon P Cogan / Kaiming Zhang / Xiuyuan Li / Shanshan Li / Grigore D Pintilie / Soung-Hun Roh / Charles S Craik / Wah Chiu / Chaitan Khosla /
PubMed 要旨Assembly-line polyketide synthases, such as the 6-deoxyerythronolide B synthase (DEBS), are large enzyme factories prized for their ability to produce specific and complex polyketide products. By ...Assembly-line polyketide synthases, such as the 6-deoxyerythronolide B synthase (DEBS), are large enzyme factories prized for their ability to produce specific and complex polyketide products. By channeling protein-tethered substrates across multiple active sites in a defined linear sequence, these enzymes facilitate programmed small-molecule syntheses that could theoretically be harnessed to access countless polyketide product structures. Using cryogenic electron microscopy to study DEBS module 1, we present a structural model describing this substrate-channeling phenomenon. Our 3.2- to 4.3-angstrom-resolution structures of the intact module reveal key domain-domain interfaces and highlight an unexpected module asymmetry. We also present the structure of a product-bound module that shines light on a recently described “turnstile” mechanism for transient gating of active sites along the assembly line.
リンクScience / PubMed:34735239 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.2 - 4.3 Å
構造データ

23710

7m7e

EMDB-23710, PDB-7m7e:
6-Deoxyerythronolide B synthase (DEBS) hybrid module (M3/1) in complex with antibody fragment 1B2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

23711

7m7f

EMDB-23711, PDB-7m7f:
6-Deoxyerythronolide B synthase (DEBS) module 1 in complex with antibody fragment 1B2: State 1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

23712

7m7g

EMDB-23712, PDB-7m7g:
6-Deoxyerythronolide B synthase (DEBS) module 1 in complex with antibody fragment 1B2: State 2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.1 Å

23713

7m7h

EMDB-23713, PDB-7m7h:
6-Deoxyerythronolide B synthase (DEBS) module 1 in complex with antibody fragment 1B2: State 1'
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.1 Å

23714

7m7i

EMDB-23714, PDB-7m7i:
6-Deoxyerythronolide B synthase (DEBS) module 1 in complex with antibody fragment 1B2 (TE-free)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

23715

7m7j

EMDB-23715, PDB-7m7j:
6-Deoxyerythronolide B synthase (DEBS) module 1 in complex with antibody fragment 1B2: "turnstile closed" state (TE-free)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.3 Å

化合物

ChemComp-PN7:
N~3~-[(2S)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-N-(2-sulfanylethyl)-beta-alaninamide

由来
  • saccharopolyspora erythraea (バクテリア)
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / polyketide synthase / antibody fragment / BIOSYNTHETIC PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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