[日本語] English
万見文献
- EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース -

+
検索条件

キーワード
構造解析手法
著者・登録者
ジャーナル
IF

-
Structure paper

タイトルStructural basis for inhibition of the drug efflux pump NorA from Staphylococcus aureus.
ジャーナル・号・ページNat Chem Biol, Vol. 18, Issue 7, Page 706-712, Year 2022
掲載日2022年3月31日
著者Douglas N Brawley / David B Sauer / Jianping Li / Xuhui Zheng / Akiko Koide / Ganesh S Jedhe / Tiffany Suwatthee / Jinmei Song / Zheng Liu / Paramjit S Arora / Shohei Koide / Victor J Torres / Da-Neng Wang / Nathaniel J Traaseth /
PubMed 要旨Membrane protein efflux pumps confer antibiotic resistance by extruding structurally distinct compounds and lowering their intracellular concentration. Yet, there are no clinically approved drugs to ...Membrane protein efflux pumps confer antibiotic resistance by extruding structurally distinct compounds and lowering their intracellular concentration. Yet, there are no clinically approved drugs to inhibit efflux pumps, which would potentiate the efficacy of existing antibiotics rendered ineffective by drug efflux. Here we identified synthetic antigen-binding fragments (Fabs) that inhibit the quinolone transporter NorA from methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA). Structures of two NorA-Fab complexes determined using cryo-electron microscopy reveal a Fab loop deeply inserted in the substrate-binding pocket of NorA. An arginine residue on this loop interacts with two neighboring aspartate and glutamate residues essential for NorA-mediated antibiotic resistance in MRSA. Peptide mimics of the Fab loop inhibit NorA with submicromolar potency and ablate MRSA growth in combination with the antibiotic norfloxacin. These findings establish a class of peptide inhibitors that block antibiotic efflux in MRSA by targeting indispensable residues in NorA without the need for membrane permeability.
リンクNat Chem Biol / PubMed:35361990 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.16 - 3.74 Å
構造データ

23463

7lo7

EMDB-23463, PDB-7lo7:
NorA in complex with Fab25
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.74 Å

23464

7lo8

EMDB-23464, PDB-7lo8:
NorA in complex with Fab36
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.16 Å

由来
  • staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードTRANSPORT PROTEIN / efflux pump / antibiotic resistance

+
万見文献について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る