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Structure paper

タイトルPore structure controls stability and molecular flux in engineered protein cages.
ジャーナル・号・ページSci Adv, Vol. 8, Issue 5, Page eabl7346, Year 2022
掲載日2022年2月4日
著者Lachlan S R Adamson / Nuren Tasneem / Michael P Andreas / William Close / Eric N Jenner / Taylor N Szyszka / Reginald Young / Li Chen Cheah / Alexander Norman / Hugo I MacDermott-Opeskin / Megan L O'Mara / Frank Sainsbury / Tobias W Giessen / Yu Heng Lau /
PubMed 要旨Protein cages are a common architectural motif used by living organisms to compartmentalize and control biochemical reactions. While engineered protein cages have featured in the construction of ...Protein cages are a common architectural motif used by living organisms to compartmentalize and control biochemical reactions. While engineered protein cages have featured in the construction of nanoreactors and synthetic organelles, relatively little is known about the underlying molecular parameters that govern stability and flux through their pores. In this work, we systematically designed 24 variants of the encapsulin cage, featuring pores of different sizes and charges. Twelve pore variants were successfully assembled and purified, including eight designs with exceptional thermal stability. While negatively charged mutations were better tolerated, we were able to form stable assemblies covering a full range of pore sizes and charges, as observed in seven new cryo-EM structures at 2.5- to 3.6-Å resolution. Molecular dynamics simulations and stopped-flow experiments revealed the importance of considering both pore size and charge, together with flexibility and rate-determining steps, when designing protein cages for controlling molecular flux.
リンクSci Adv / PubMed:35119930 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.53 - 3.55 Å
構造データ

23379

7lii

EMDB-23379, PDB-7lii:
Thermotoga maritima Encapsulin Nanocompartment Pore Mutant S7D
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.55 Å

23380

7lij

EMDB-23380, PDB-7lij:
Thermotoga maritima Encapsulin Nanocompartment Pore Mutant S1K
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.84 Å

23381

7lik

EMDB-23381, PDB-7lik:
Thermotoga maritima Encapsulin Nanocompartment Pore Mutant S1R
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.91 Å

23382

7lil

EMDB-23382, PDB-7lil:
Thermotoga maritima Encapsulin Nanocompartment Pore Mutant SE3
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.84 Å

23383

7lim

EMDB-23383, PDB-7lim:
Thermotoga maritima Encapsulin Nanocompartment Pore Mutant S6E
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.75 Å

23384

7lis

EMDB-23384, PDB-7lis:
Thermotoga maritima Encapsulin Nanocompartment Pore Mutant S5D
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.96 Å

23385

7lit

EMDB-23385, PDB-7lit:
Thermotoga maritima Encapsulin Nanocompartment Pore Mutant S7G
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.53 Å

化合物

ChemComp-RBF:
RIBOFLAVIN / リボフラビン

由来
  • Thermotoga maritima MSB8 (バクテリア)
  • thermotoga maritima (strain atcc 43589 / msb8 / dsm 3109 / jcm 10099) (バクテリア)
キーワードVIRUS LIKE PARTICLE / Encapsulin / Nanocompartment

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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