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タイトルPotent SARS-CoV-2 binding and neutralization through maturation of iconic SARS-CoV-1 antibodies.
ジャーナル・号・ページMAbs, Vol. 13, Issue 1, Page 1922134, Year 2021
掲載日2021年5月28日
著者Romain Rouet / Ohan Mazigi / Gregory J Walker / David B Langley / Meghna Sobti / Peter Schofield / Helen Lenthall / Jennifer Jackson / Stephanie Ubiparipovic / Jake Y Henry / Arunasingam Abayasingam / Deborah Burnett / Anthony Kelleher / Robert Brink / Rowena A Bull / Stuart Turville / Alastair G Stewart / Christopher C Goodnow / William D Rawlinson / Daniel Christ /
PubMed 要旨Antibodies against coronavirus spike protein potently protect against infection and disease, but whether such protection can be extended to variant coronaviruses is unclear. This is exemplified by a ...Antibodies against coronavirus spike protein potently protect against infection and disease, but whether such protection can be extended to variant coronaviruses is unclear. This is exemplified by a set of iconic and well-characterized monoclonal antibodies developed after the 2003 SARS outbreak, including mAbs m396, CR3022, CR3014 and 80R, which potently neutralize SARS-CoV-1, but not SARS-CoV-2. Here, we explore antibody engineering strategies to change and broaden their specificity, enabling nanomolar binding and potent neutralization of SARS-CoV-2. Intriguingly, while many of the matured clones maintained specificity of the parental antibody, new specificities were also observed, which was further confirmed by X-ray crystallography and cryo-electron microscopy, indicating that a limited set of VH antibody domains can give rise to variants targeting diverse epitopes, when paired with a diverse VL repertoire. Our findings open up over 15 years of antibody development efforts against SARS-CoV-1 to the SARS-CoV-2 field and outline general principles for the maturation of antibody specificity against emerging viruses.
リンクMAbs / PubMed:34024246 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度1.69 - 4.6 Å
構造データ

EMDB-23111:
SARS CoV-2 spike trimer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

EMDB-23112:
SARS CoV-2 spike trimer + CR3022-B6
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.6 Å

EMDB-23113:
SARS CoV-2 spike trimer + CR3014-D1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.4 Å

PDB-7kza:
Potent SARS-CoV-2 binding and neutralization through maturation of iconic SARS-CoV-1antibodies
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.69 Å

PDB-7kzb:
Potent SARS-CoV-2 binding and neutralization through maturation of iconic SARS-CoV-1antibodies
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.83 Å

PDB-7kzc:
Potent SARS-CoV-2 binding and neutralization through maturation of iconic SARS-CoV-1antibodies
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.3 Å

化合物

ChemComp-CL:
Unknown entry / クロリド

ChemComp-GOL:
GLYCEROL / グリセロ-ル

ChemComp-NA:
Unknown entry / ナトリウムカチオン

ChemComp-PO4:
PHOSPHATE ION / ホスファ-ト

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードIMMUNE SYSTEM / COVID19 / SARS-CoV2 / antibody / ANTIVIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN/Immune System / VIRAL PROTEIN-Immune System complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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