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タイトルPaired heavy- and light-chain signatures contribute to potent SARS-CoV-2 neutralization in public antibody responses.
ジャーナル・号・ページCell Rep, Vol. 37, Issue 1, Page 109771, Year 2021
掲載日2021年10月5日
著者Bailey B Banach / Gabriele Cerutti / Ahmed S Fahad / Chen-Hsiang Shen / Matheus Oliveira De Souza / Phinikoula S Katsamba / Yaroslav Tsybovsky / Pengfei Wang / Manoj S Nair / Yaoxing Huang / Irene M Francino-Urdániz / Paul J Steiner / Matías Gutiérrez-González / Lihong Liu / Sheila N López Acevedo / Alexandra F Nazzari / Jacy R Wolfe / Yang Luo / Adam S Olia / I-Ting Teng / Jian Yu / Tongqing Zhou / Eswar R Reddem / Jude Bimela / Xiaoli Pan / Bharat Madan / Amy D Laflin / Rajani Nimrania / Kwok-Yung Yuen / Timothy A Whitehead / David D Ho / Peter D Kwong / Lawrence Shapiro / Brandon J DeKosky /
PubMed 要旨Understanding mechanisms of protective antibody recognition can inform vaccine and therapeutic strategies against SARS-CoV-2. We report a monoclonal antibody, 910-30, targeting the SARS-CoV-2 ...Understanding mechanisms of protective antibody recognition can inform vaccine and therapeutic strategies against SARS-CoV-2. We report a monoclonal antibody, 910-30, targeting the SARS-CoV-2 receptor-binding site for ACE2 as a member of a public antibody response encoded by IGHV3-53/IGHV3-66 genes. Sequence and structural analyses of 910-30 and related antibodies explore how class recognition features correlate with SARS-CoV-2 neutralization. Cryo-EM structures of 910-30 bound to the SARS-CoV-2 spike trimer reveal binding interactions and its ability to disassemble spike. Despite heavy-chain sequence similarity, biophysical analyses of IGHV3-53/3-66-encoded antibodies highlight the importance of native heavy:light pairings for ACE2-binding competition and SARS-CoV-2 neutralization. We develop paired heavy:light class sequence signatures and determine antibody precursor prevalence to be ∼1 in 44,000 human B cells, consistent with public antibody identification in several convalescent COVID-19 patients. These class signatures reveal genetic, structural, and functional immune features that are helpful in accelerating antibody-based medical interventions for SARS-CoV-2.
リンクCell Rep / PubMed:34587480 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度4.75 - 5.78 Å
構造データ

23016

7ks9

EMDB-23016, PDB-7ks9:
Cryo-EM structure of prefusion SARS-CoV-2 spike glycoprotein in complex with 910-30 Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.75 Å

EMDB-23039:
Cryo-EM map of SARS-CoV-2 spike glycoprotein in complex with 910-30 Fab (disrupted form)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.78 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
キーワードViral Protein/IMMUNE SYSTEM / Neutralizing antibody / Fusion protein / Spike glycoprotein / COVID-19 / RBD / Viral protein / IMMUNE SYSTEM / Viral Protein-IMMUNE SYSTEM complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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