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タイトルDe novo design of potent and resilient hACE2 decoys to neutralize SARS-CoV-2.
ジャーナル・号・ページScience, Vol. 370, Issue 6521, Page 1208-1214, Year 2020
掲載日2020年12月4日
著者Thomas W Linsky / Renan Vergara / Nuria Codina / Jorgen W Nelson / Matthew J Walker / Wen Su / Christopher O Barnes / Tien-Ying Hsiang / Katharina Esser-Nobis / Kevin Yu / Z Beau Reneer / Yixuan J Hou / Tanu Priya / Masaya Mitsumoto / Avery Pong / Uland Y Lau / Marsha L Mason / Jerry Chen / Alex Chen / Tania Berrocal / Hong Peng / Nicole S Clairmont / Javier Castellanos / Yu-Ru Lin / Anna Josephson-Day / Ralph S Baric / Deborah H Fuller / Carl D Walkey / Ted M Ross / Ryan Swanson / Pamela J Bjorkman / Michael Gale / Luis M Blancas-Mejia / Hui-Ling Yen / Daniel-Adriano Silva /
PubMed 要旨We developed a de novo protein design strategy to swiftly engineer decoys for neutralizing pathogens that exploit extracellular host proteins to infect the cell. Our pipeline allowed the design, ...We developed a de novo protein design strategy to swiftly engineer decoys for neutralizing pathogens that exploit extracellular host proteins to infect the cell. Our pipeline allowed the design, validation, and optimization of de novo human angiotensin-converting enzyme 2 (hACE2) decoys to neutralize severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2). The best monovalent decoy, CTC-445.2, bound with low nanomolar affinity and high specificity to the receptor-binding domain (RBD) of the spike protein. Cryo-electron microscopy (cryo-EM) showed that the design is accurate and can simultaneously bind to all three RBDs of a single spike protein. Because the decoy replicates the spike protein target interface in hACE2, it is intrinsically resilient to viral mutational escape. A bivalent decoy, CTC-445.2d, showed ~10-fold improvement in binding. CTC-445.2d potently neutralized SARS-CoV-2 infection of cells in vitro, and a single intranasal prophylactic dose of decoy protected Syrian hamsters from a subsequent lethal SARS-CoV-2 challenge.
リンクScience / PubMed:33154107 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.9 - 4.2 Å
構造データ

EMDB-22913:
Structure of the SARS-CoV-2 S 6P trimer in complex with the ACE2 protein decoy, CTC-445.2 (State 1)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

EMDB-22914:
Structure of the SARS-CoV-2 S 6P trimer in complex with the ACE2 protein decoy, CTC-445.2 (State 2)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

EMDB-22915:
Structure of the SARS-CoV-2 S 6P trimer in complex with the ACE2 protein decoy, CTC-445.2 (State 4)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

22916

7kl9

EMDB-22916, PDB-7kl9:
Structure of the SARS-CoV-2 S 6P trimer in complex with the ACE2 protein decoy, CTC-445.2 (State 4)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.1 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

由来
  • severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードANTIVIRAL PROTEIN / SARS-CoV-2 / ACE2 decoy / mini-protein / inhibitor / COVID-19

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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