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タイトルComparative host-coronavirus protein interaction networks reveal pan-viral disease mechanisms.
ジャーナル・号・ページScience, Vol. 370, Issue 6521, Year 2020
掲載日2020年12月4日
著者David E Gordon / Joseph Hiatt / Mehdi Bouhaddou / Veronica V Rezelj / Svenja Ulferts / Hannes Braberg / Alexander S Jureka / Kirsten Obernier / Jeffrey Z Guo / Jyoti Batra / Robyn M Kaake / Andrew R Weckstein / Tristan W Owens / Meghna Gupta / Sergei Pourmal / Erron W Titus / Merve Cakir / Margaret Soucheray / Michael McGregor / Zeynep Cakir / Gwendolyn Jang / Matthew J O'Meara / Tia A Tummino / Ziyang Zhang / Helene Foussard / Ajda Rojc / Yuan Zhou / Dmitry Kuchenov / Ruth Hüttenhain / Jiewei Xu / Manon Eckhardt / Danielle L Swaney / Jacqueline M Fabius / Manisha Ummadi / Beril Tutuncuoglu / Ujjwal Rathore / Maya Modak / Paige Haas / Kelsey M Haas / Zun Zar Chi Naing / Ernst H Pulido / Ying Shi / Inigo Barrio-Hernandez / Danish Memon / Eirini Petsalaki / Alistair Dunham / Miguel Correa Marrero / David Burke / Cassandra Koh / Thomas Vallet / Jesus A Silvas / Caleigh M Azumaya / Christian Billesbølle / Axel F Brilot / Melody G Campbell / Amy Diallo / Miles Sasha Dickinson / Devan Diwanji / Nadia Herrera / Nick Hoppe / Huong T Kratochvil / Yanxin Liu / Gregory E Merz / Michelle Moritz / Henry C Nguyen / Carlos Nowotny / Cristina Puchades / Alexandrea N Rizo / Ursula Schulze-Gahmen / Amber M Smith / Ming Sun / Iris D Young / Jianhua Zhao / Daniel Asarnow / Justin Biel / Alisa Bowen / Julian R Braxton / Jen Chen / Cynthia M Chio / Un Seng Chio / Ishan Deshpande / Loan Doan / Bryan Faust / Sebastian Flores / Mingliang Jin / Kate Kim / Victor L Lam / Fei Li / Junrui Li / Yen-Li Li / Yang Li / Xi Liu / Megan Lo / Kyle E Lopez / Arthur A Melo / Frank R Moss / Phuong Nguyen / Joana Paulino / Komal Ishwar Pawar / Jessica K Peters / Thomas H Pospiech / Maliheh Safari / Smriti Sangwan / Kaitlin Schaefer / Paul V Thomas / Aye C Thwin / Raphael Trenker / Eric Tse / Tsz Kin Martin Tsui / Feng Wang / Natalie Whitis / Zanlin Yu / Kaihua Zhang / Yang Zhang / Fengbo Zhou / Daniel Saltzberg / / Anthony J Hodder / Amber S Shun-Shion / Daniel M Williams / Kris M White / Romel Rosales / Thomas Kehrer / Lisa Miorin / Elena Moreno / Arvind H Patel / Suzannah Rihn / Mir M Khalid / Albert Vallejo-Gracia / Parinaz Fozouni / Camille R Simoneau / Theodore L Roth / David Wu / Mohd Anisul Karim / Maya Ghoussaini / Ian Dunham / Francesco Berardi / Sebastian Weigang / Maxime Chazal / Jisoo Park / James Logue / Marisa McGrath / Stuart Weston / Robert Haupt / C James Hastie / Matthew Elliott / Fiona Brown / Kerry A Burness / Elaine Reid / Mark Dorward / Clare Johnson / Stuart G Wilkinson / Anna Geyer / Daniel M Giesel / Carla Baillie / Samantha Raggett / Hannah Leech / Rachel Toth / Nicola Goodman / Kathleen C Keough / Abigail L Lind / / Reyna J Klesh / Kafi R Hemphill / Jared Carlson-Stevermer / Jennifer Oki / Kevin Holden / Travis Maures / Katherine S Pollard / Andrej Sali / David A Agard / Yifan Cheng / James S Fraser / Adam Frost / Natalia Jura / Tanja Kortemme / Aashish Manglik / Daniel R Southworth / Robert M Stroud / Dario R Alessi / Paul Davies / Matthew B Frieman / Trey Ideker / Carmen Abate / Nolwenn Jouvenet / Georg Kochs / Brian Shoichet / Melanie Ott / Massimo Palmarini / Kevan M Shokat / Adolfo García-Sastre / Jeremy A Rassen / Robert Grosse / Oren S Rosenberg / Kliment A Verba / Christopher F Basler / Marco Vignuzzi / Andrew A Peden / Pedro Beltrao / Nevan J Krogan /
PubMed 要旨The COVID-19 pandemic, caused by severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2), is a grave threat to public health and the global economy. SARS-CoV-2 is closely related to the more ...The COVID-19 pandemic, caused by severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2), is a grave threat to public health and the global economy. SARS-CoV-2 is closely related to the more lethal but less transmissible coronaviruses SARS-CoV-1 and Middle East respiratory syndrome coronavirus (MERS-CoV). Here, we have carried out comparative viral-human protein-protein interaction and viral protein localization analyses for all three viruses. Subsequent functional genetic screening identified host factors that functionally impinge on coronavirus proliferation, including Tom70, a mitochondrial chaperone protein that interacts with both SARS-CoV-1 and SARS-CoV-2 ORF9b, an interaction we structurally characterized using cryo-electron microscopy. Combining genetically validated host factors with both COVID-19 patient genetic data and medical billing records identified molecular mechanisms and potential drug treatments that merit further molecular and clinical study.
リンクScience / PubMed:33060197 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.05 Å
構造データ

22829

7kdt

EMDB-22829, PDB-7kdt:
Human Tom70 in complex with SARS CoV2 Orf9b
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.05 Å

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
キーワードVIRAL PROTEIN / Orf9b / Tom70 / mitochondria / virus infection / SARS CoV2

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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