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タイトルImmunofocusing and enhancing autologous Tier-2 HIV-1 neutralization by displaying Env trimers on two-component protein nanoparticles.
ジャーナル・号・ページNPJ Vaccines, Vol. 6, Issue 1, Page 24, Year 2021
掲載日2021年2月9日
著者Philip J M Brouwer / Aleksandar Antanasijevic / Marlon de Gast / Joel D Allen / Tom P L Bijl / Anila Yasmeen / Rashmi Ravichandran / Judith A Burger / Gabriel Ozorowski / Jonathan L Torres / Celia LaBranche / David C Montefiori / Rajesh P Ringe / Marit J van Gils / John P Moore / Per Johan Klasse / Max Crispin / Neil P King / Andrew B Ward / Rogier W Sanders /
PubMed 要旨The HIV-1 envelope glycoprotein trimer is poorly immunogenic because it is covered by a dense glycan shield. As a result, recombinant Env glycoproteins generally elicit inadequate antibody levels ...The HIV-1 envelope glycoprotein trimer is poorly immunogenic because it is covered by a dense glycan shield. As a result, recombinant Env glycoproteins generally elicit inadequate antibody levels that neutralize clinically relevant, neutralization-resistant (Tier-2) HIV-1 strains. Multivalent antigen presentation on nanoparticles is an established strategy to increase vaccine-driven immune responses. However, due to nanoparticle instability in vivo, the display of non-native Env structures, and the inaccessibility of many neutralizing antibody (NAb) epitopes, the effects of nanoparticle display are generally modest for Env trimers. Here, we generate two-component self-assembling protein nanoparticles presenting twenty SOSIP trimers of the clade C Tier-2 genotype 16055. We show in a rabbit immunization study that these nanoparticles induce 60-fold higher autologous Tier-2 NAb titers than the corresponding SOSIP trimers. Epitope mapping studies reveal that the presentation of 16055 SOSIP trimers on these nanoparticle focuses antibody responses to an immunodominant apical epitope. Thus, these nanoparticles are a promising platform to improve the immunogenicity of Env trimers with apex-proximate NAb epitopes.
リンクNPJ Vaccines / PubMed:33563983 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度12.8 - 17.2 Å
構造データ

EMDB-22714:
nsEM map of the 16055 SOSIP HIV Env trimer in complex with polyclonal Fab from rabbit r2463
手法: EM (単粒子) / 解像度: 15.3 Å

EMDB-22715:
nsEM map of the 16055 SOSIP HIV Env trimer in complex with polyclonal Fab from rabbit r2464
手法: EM (単粒子) / 解像度: 15.9 Å

EMDB-22716:
nsEM map of the 16055 SOSIP HIV Env trimer in complex with polyclonal Fab from rabbit r2465
手法: EM (単粒子) / 解像度: 15.2 Å

EMDB-22717:
nsEM map of the 16055 SOSIP HIV Env trimer in complex with polyclonal Fab from rabbit r2466
手法: EM (単粒子) / 解像度: 15.2 Å

EMDB-22718:
nsEM map of the 16055 SOSIP HIV Env trimer in complex with polyclonal Fab from rabbit r2467
手法: EM (単粒子) / 解像度: 17.2 Å

EMDB-22719:
nsEM map of the 16055 SOSIP HIV Env trimer in complex with polyclonal Fab from rabbit r2468
手法: EM (単粒子) / 解像度: 15.2 Å

EMDB-22720:
nsEM map of the 16055 SOSIP HIV Env trimer in complex with polyclonal Fab from rabbit r2469
手法: EM (単粒子) / 解像度: 12.8 Å

EMDB-22721:
nsEM map of the 16055 SOSIP HIV Env trimer in complex with polyclonal Fab from rabbit r2470
手法: EM (単粒子) / 解像度: 13.2 Å

EMDB-22722:
nsEM map of the 16055 SOSIP HIV Env trimer in complex with polyclonal Fab from rabbit r2471
手法: EM (単粒子) / 解像度: 15.2 Å

EMDB-22723:
nsEM map of the 16055 SOSIP HIV Env trimer in complex with polyclonal Fab from rabbit r2472
手法: EM (単粒子) / 解像度: 12.8 Å

由来
  • synthetic construct (人工物)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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