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タイトルPolyclonal epitope mapping reveals temporal dynamics and diversity of human antibody responses to H5N1 vaccination.
ジャーナル・号・ページCell Rep, Vol. 34, Issue 4, Page 108682, Year 2021
掲載日2021年1月26日
著者Julianna Han / Aaron J Schmitz / Sara T Richey / Ya-Nan Dai / Hannah L Turner / Bassem M Mohammed / Daved H Fremont / Ali H Ellebedy / Andrew B Ward /
PubMed 要旨Novel influenza A virus (IAV) strains elicit recall immune responses to conserved epitopes, making them favorable antigenic choices for universal influenza virus vaccines. Evaluating these immunogens ...Novel influenza A virus (IAV) strains elicit recall immune responses to conserved epitopes, making them favorable antigenic choices for universal influenza virus vaccines. Evaluating these immunogens requires a thorough understanding of the antigenic sites targeted by the polyclonal antibody (pAb) response, which single-particle electron microscopy (EM) can sensitively detect. In this study, we employ EM polyclonal epitope mapping (EMPEM) to extensively characterize the pAb response to hemagglutinin (HA) after H5N1 immunization in humans. Cross-reactive pAbs originating from memory B cells immediately bound the stem of HA and persisted for more than a year after vaccination. In contrast, de novo pAb responses to multiple sites on the head of HA, targeting previously determined key neutralizing sites on H5 HA, expanded after the second immunization and waned quickly. Thus, EMPEM provides a robust tool for comprehensively tracking the specificity and durability of immune responses elicited by novel universal influenza vaccine candidates.
リンクCell Rep / PubMed:33503432 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度4.7 - 20.0 Å
構造データ

EMDB-22536:
Polyclonal immune complex of Fab binding the stem of H5 HA from serum of subject 4 at day 21
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-22537:
Polyclonal immune complex of Fab binding the stem of H5 HA from serum of subject 4 at day 28
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-22538:
Polyclonal immune complex of Fab binding the side of the head of H5 HA from serum of subject 4 at day 28
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-22539:
Polyclonal immune complex of Fab binding the side of the head of H5 HA from serum of subject 4 at day 28
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-22540:
Polyclonal immune complex of Fab binding the receptor binding site region of H5 HA from serum of subject 4 at day 28
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-22541:
Polyclonal immune complex of Fab binding the top of the head of H5 HA from serum of subject 4 at day 28
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-22542:
Polyclonal immune complex of Fab binding the stem of H5 HA from serum of subject 4 at day 42
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-22543:
Polyclonal immune complex of Fab binding the stem of H5 HA from serum of subject 28 at day 7
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-22544:
Polyclonal immune complex of Fab binding the stem of H5 HA from serum of subject 28 at day 21
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-22545:
Polyclonal immune complex of Fab binding the stem of H5 HA from serum of subject 28 at day 28
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-22546:
Polyclonal immune complex of Fab binding the receptor binding site region of H5 HA from serum of subject 28 at day 28
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-22547:
Polyclonal immune complex of Fab binding the top of the head of H5 HA from serum of subject 28 at day 28
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-22548:
Polyclonal immune complex of Fab binding the stem of H5 HA from serum of subject 36 at day 0
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-22549:
Polyclonal immune complex of Fab binding the stem of H5 HA from serum of subject 36 at day 7
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-22550:
Polyclonal immune complex of Fab binding the stem of H5 HA from serum of subject 36 at day 21
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-22551:
Polyclonal immune complex of Fab binding the receptor binding site region of H5 HA from serum of subject 36 at day 28
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-22552:
Polyclonal immune complex of Fab binding the stem of H5 HA from serum of subject 36 at day 500
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-22553:
Polyclonal immune complex of Fab binding the stem of H5 HA from serum of subject 43 at day 7
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-22554:
Polyclonal immune complex of Fab binding the stem of H5 HA from serum of subject 43 at day 7
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-22555:
Polyclonal immune complex of Fab binding the stem of H5 HA from serum of subject 43 at day 21
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-22556:
Polyclonal immune complex of Fab binding the stem of H5 HA from serum of subject 43 at day 28
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-22557:
Polyclonal immune complex of Fab binding the stem of H5 HA from serum of subject 43 at day 28
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-22558:
Polyclonal immune complex of Fab binding the receptor binding site region of H5 HA from serum of subject 43 at day 28
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-22559:
Polyclonal immune complex of Fab binding the stem of H5 HA from serum of subject 43 at day 100
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-22560:
Polyclonal immune complex of Fab binding the receptor binding site region of H5 HA from serum of subject 43 at day 100
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-22561:
Monoclonal immune complex of Fab 1A06 from participant 43 at day 7 binding the stem of H5 HA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-22562:
Monoclonal immune complex of Fab 1B02 from participant 43 at day 7 binding the stem of H5 HA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-22563:
Monoclonal immune complex of Fab 1B04 from participant 43 at day 7 binding the stem of H5 HA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-22564:
Monoclonal immune complex of Fab 1A02 from participant 43 at day 28 binding the stem of H5 HA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-22565:
Monoclonal immune complex of Fab 1A08 from participant 43 at day 28 binding the stem of H5 HA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-22566:
Monoclonal immune complex of Fab 1H01 from participant 43 at day 28 binding the stem of H5 HA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-22567:
Monoclonal immune complex of Fab 1E01 from participant 43 at day 28 binding the stem of H5 HA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-22568:
Polyclonal immune complex of Fab binding the stem of H1 HA from serum of subject 43 at day 21
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-22569:
CryoEM polyclonal immune complex of Fab binding the stem of H5 HA from serum of subject 4 at day 28
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.7 Å

EMDB-22570:
CryoEM polyclonal immune complex of Fab binding the receptor binding site region of H5 HA from serum of subject 4 at day 28
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.9 Å

EMDB-22571:
CryoEM polyclonal immune complex of Fab binding the lateral patch of H5 HA from serum of subject 4 at day 28
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.0 Å

EMDB-22572:
CryoEM polyclonal immune complex of Fab binding the vestigial esterase domain of H5 HA from serum of subject 4 at day 28
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.24 Å

由来
  • Homo sapiens (ヒト)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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