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タイトルElicitation of potent serum neutralizing antibody responses in rabbits by immunization with an HIV-1 clade C trimeric Env derived from an Indian elite neutralizer.
ジャーナル・号・ページPLoS Pathog, Vol. 17, Issue 4, Page e1008977, Year 2021
掲載日2021年4月7日
著者Rajesh Kumar / Suprit Deshpande / Leigh M Sewall / Gabriel Ozorowski / Christopher A Cottrell / Wen-Hsin Lee / Lauren G Holden / Sara T Richey / Antra Singh Chandrawacar / Kanika Dhiman / Ashish / Vivek Kumar / Shubbir Ahmed / Nitin Hingankar / Naresh Kumar / Kailapuri G Murugavel / Aylur K Srikrishnan / Devin Sok / Andrew B Ward / Jayanta Bhattacharya /
PubMed 要旨Evaluating the structure-function relationship of viral envelope (Env) evolution and the development of broadly cross-neutralizing antibodies (bnAbs) in natural infection can inform rational ...Evaluating the structure-function relationship of viral envelope (Env) evolution and the development of broadly cross-neutralizing antibodies (bnAbs) in natural infection can inform rational immunogen design. In the present study, we examined the magnitude and specificity of autologous neutralizing antibodies induced in rabbits by a novel HIV-1 clade C Env protein (1PGE-THIVC) vis-à-vis those developed in an elite neutralizer from whom the env sequence was obtained that was used to prepare the soluble Env protein. The novel 1PGE-THIVC Env trimer displayed a native like pre-fusion closed conformation in solution as determined by small angle X-ray scattering (SAXS) and negative stain electron microscopy (EM). This closed spike conformation of 1PGE-THIVC Env trimers was correlated with weak or undetectable binding of non-neutralizing monoclonal antibodies (mAbs) compared to neutralizing mAbs. Furthermore, 1PGE-THIVC SOSIP induced potent neutralizing antibodies in rabbits to autologous virus variants. The autologous neutralizing antibody specificity induced in rabbits by 1PGE-THIVC was mapped to the C3/V4 region (T362/P401) of viral Env. This observation agreed with electron microscopy polyclonal epitope mapping (EMPEM) of the Env trimer complexed with IgG Fab prepared from the immunized rabbit sera. Our study demonstrated neutralization of sequence matched and unmatched autologous viruses by serum antibodies induced in rabbits by 1PGE-THIVC and also highlighted a comparable specificity for the 1PGE-THIVC SOSIP trimer with that seen with polyclonal antibodies elicited in the elite neutralizer by negative-stain electron microscopy polyclonal epitope (ns-EMPEM) mapping.
リンクPLoS Pathog / PubMed:33826683 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度25.0 - 29.0 Å
構造データ

EMDB-22496:
Base-directed response of rabbit #1 week 6 polyclonal fragment antigen binding in complex with 1PGE-THIVC SOSIP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 29.0 Å

EMDB-22498:
N611-site directed response of rabbit #1 week 6 polyclonal fragment antigen binding in complex with 1PGE-THIVC SOSIP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 29.0 Å

EMDB-22499:
Base-directed response of rabbit #1 week 12 polyclonal fragment antigen binding in complex with 1PGE-THIVC SOSIP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 29.0 Å

EMDB-22500:
N611-site directed response of rabbit #1 week 12 polyclonal fragment antigen binding in complex with 1PGE-THIVC SOSIP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 27.0 Å

EMDB-22501:
C3/V5-directed response of rabbit #1 week 12 polyclonal fragment antigen binding in complex with 1PGE-THIVC SOSIP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 29.0 Å

EMDB-22502:
Base-directed response of rabbit #1 week 22 polyclonal fragment antigen binding in complex with 1PGE-THIVC SOSIP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 29.0 Å

EMDB-22503:
N611-site, base, and V1V3 directed response of rabbit #1 week 22 polyclonal fragment antigen binding in complex with 1PGE-THIVC SOSIP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 29.0 Å

EMDB-22504:
C3/V5 and base directed response of rabbit #1 week 22 polyclonal fragment antigen binding in complex with 1PGE-THIVC SOSIP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 29.0 Å

EMDB-22505:
V1/V3 and base directed response of rabbit #1 week 22 polyclonal fragment antigen binding in complex with 1PGE-THIVC SOSIP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 29.0 Å

EMDB-23159:
C3/V5-directed response of human donor G37080 polyclonal fragment antigen binding in complex with 1PGE-THIVC SOSIP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

由来
  • Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
  • Homo sapiens (ヒト)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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