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Structure paper

タイトルRetrieving functional pathways of biomolecules from single-particle snapshots.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 11, Issue 1, Page 4734, Year 2020
掲載日2020年9月18日
著者Ali Dashti / Ghoncheh Mashayekhi / Mrinal Shekhar / Danya Ben Hail / Salah Salah / Peter Schwander / Amedee des Georges / Abhishek Singharoy / Joachim Frank / Abbas Ourmazd /
PubMed 要旨A primary reason for the intense interest in structural biology is the fact that knowledge of structure can elucidate macromolecular functions in living organisms. Sustained effort has resulted in an ...A primary reason for the intense interest in structural biology is the fact that knowledge of structure can elucidate macromolecular functions in living organisms. Sustained effort has resulted in an impressive arsenal of tools for determining the static structures. But under physiological conditions, macromolecules undergo continuous conformational changes, a subset of which are functionally important. Techniques for capturing the continuous conformational changes underlying function are essential for further progress. Here, we present chemically-detailed conformational movies of biological function, extracted data-analytically from experimental single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) snapshots of ryanodine receptor type 1 (RyR1), a calcium-activated calcium channel engaged in the binding of ligands. The functional motions differ substantially from those inferred from static structures in the nature of conformationally active structural domains, the sequence and extent of conformational motions, and the way allosteric signals are transduced within and between domains. Our approach highlights the importance of combining experiment, advanced data analysis, and molecular simulations.
リンクNat Commun / PubMed:32948759 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度4.5 Å
構造データ

20486

6pv6

EMDB-20486, PDB-6pv6:
Functional Pathways of Biomolecules Retrieved from Single-particle Snapshots
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.5 Å

22392

7jmf

EMDB-22392, PDB-7jmf:
Functional Pathways of Biomolecules Retrieved from Single-particle Snapshots - Frame 42 - State 6 (S6)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.5 Å

22393

7jmg

EMDB-22393, PDB-7jmg:
Functional Pathways of Biomolecules Retrieved from Single-particle Snapshots - Frame 22 - State 2 (S2)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.5 Å

22394

7jmh

EMDB-22394, PDB-7jmh:
Functional Pathways of Biomolecules Retrieved from Single-particle Snapshots - Frame 35 - State 4 (S4)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.5 Å

22395

7jmi

EMDB-22395, PDB-7jmi:
Functional Pathways of Biomolecules Retrieved from Single-particle Snapshots - Frame 29 - State 3 (S3)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.5 Å

22396

7jmj

EMDB-22396, PDB-7jmj:
Functional Pathways of Biomolecules Retrieved from Single-particle Snapshots - Frame 37 - State 5 (S5)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.5 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-CA:
Unknown entry / カルシウムジカチオン

由来
  • oryctolagus cuniculus (ウサギ)
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / ion channel / Ca2+ channel / excitation/contraction coupling

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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