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タイトルMapping Neutralizing Antibody Epitope Specificities to an HIV Env Trimer in Immunized and in Infected Rhesus Macaques.
ジャーナル・号・ページCell Rep, Vol. 32, Issue 10, Page 108122, Year 2020
掲載日2020年9月8日
著者Fangzhu Zhao / Collin Joyce / Alison Burns / Bartek Nogal / Christopher A Cottrell / Alejandra Ramos / Trevor Biddle / Matthias Pauthner / Rebecca Nedellec / Huma Qureshi / Rosemarie Mason / Elise Landais / Bryan Briney / Andrew B Ward / Dennis R Burton / Devin Sok /
PubMed 要旨BG505 SOSIP is a well-characterized near-native recombinant HIV Envelope (Env) trimer that holds promise as part of a sequential HIV immunogen regimen to induce broadly neutralizing antibodies (bnAbs) ...BG505 SOSIP is a well-characterized near-native recombinant HIV Envelope (Env) trimer that holds promise as part of a sequential HIV immunogen regimen to induce broadly neutralizing antibodies (bnAbs). Rhesus macaques are considered the most appropriate pre-clinical animal model for monitoring antibody (Ab) responses. Accordingly, we report here the isolation of 45 BG505 autologous neutralizing antibodies (nAbs) with multiple specificities from SOSIP-immunized and BG505 SHIV-infected rhesus macaques. We associate the most potent neutralization with two epitopes: the C3/V5 and V1/V3 regions. We show that all of the nAbs bind in close proximity to known bnAb epitopes and might therefore sterically hinder elicitation of bnAbs. We also identify a "public clonotype" that targets the immunodominant C3/V5 nAb epitope, which suggests that common antibody rearrangements might help determine humoral responses to Env immunogens. The results highlight important considerations for vaccine design in anticipation of results of the BG505 SOSIP trimer in clinical trials.
リンクCell Rep / PubMed:32905766 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度17.4 - 27.1 Å
構造データ

EMDB-22372:
RhBZ05.1 Fab in complex with BG505 SOSIP.664
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-22373:
RhBZ31.1 Fab in complex with BG505 SOSIP.664
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-22374:
RhBZ31.2 Fab in complex with BG505 SOSIP.664
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-22385:
Rh137.3 monoclonal complexed with BG505v3 trimer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 27.1 Å

EMDB-22387:
Monoclonal Rh046.7 from animal 12-046
手法: EM (単粒子) / 解像度: 17.4 Å

EMDB-22388:
Monoclonal Rh046.7 from animal 12-046
手法: EM (単粒子) / 解像度: 21.1 Å

由来
  • Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
  • Macaca mulatta (アカゲザル)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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