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タイトルStructural basis for GLP-1 receptor activation by LY3502970, an orally active nonpeptide agonist.
ジャーナル・号・ページProc Natl Acad Sci U S A, Vol. 117, Issue 47, Page 29959-29967, Year 2020
掲載日2020年11月24日
著者Takahiro Kawai / Bingfa Sun / Hitoshi Yoshino / Dan Feng / Yoshiyuki Suzuki / Masanori Fukazawa / Shunsuke Nagao / David B Wainscott / Aaron D Showalter / Brian A Droz / Tong Sun Kobilka / Matthew P Coghlan / Francis S Willard / Yoshiki Kawabe / Brian K Kobilka / Kyle W Sloop /
PubMed 要旨Glucagon-like peptide-1 receptor (GLP-1R) agonists are efficacious antidiabetic medications that work by enhancing glucose-dependent insulin secretion and improving energy balance. Currently approved ...Glucagon-like peptide-1 receptor (GLP-1R) agonists are efficacious antidiabetic medications that work by enhancing glucose-dependent insulin secretion and improving energy balance. Currently approved GLP-1R agonists are peptide based, and it has proven difficult to obtain small-molecule activators possessing optimal pharmaceutical properties. We report the discovery and mechanism of action of LY3502970 (OWL833), a nonpeptide GLP-1R agonist. LY3502970 is a partial agonist, biased toward G protein activation over β-arrestin recruitment at the GLP-1R. The molecule is highly potent and selective against other class B G protein-coupled receptors (GPCRs) with a pharmacokinetic profile favorable for oral administration. A high-resolution structure of LY3502970 in complex with active-state GLP-1R revealed a unique binding pocket in the upper helical bundle where the compound is bound by the extracellular domain (ECD), extracellular loop 2, and transmembrane helices 1, 2, 3, and 7. This mechanism creates a distinct receptor conformation that may explain the partial agonism and biased signaling of the compound. Further, interaction between LY3502970 and the primate-specific Trp33 of the ECD informs species selective activity for the molecule. In efficacy studies, oral administration of LY3502970 resulted in glucose lowering in humanized GLP-1R transgenic mice and insulinotropic and hypophagic effects in nonhuman primates, demonstrating an effect size in both models comparable to injectable exenatide. Together, this work determined the molecular basis for the activity of an oral agent being developed for the treatment of type 2 diabetes mellitus, offering insights into the activation of class B GPCRs by nonpeptide ligands.
リンクProc Natl Acad Sci U S A / PubMed:33177239 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.1 Å
構造データ

22283

6xox

EMDB-22283, PDB-6xox:
cryo-EM of human GLP-1R bound to non-peptide agonist LY3502970
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

化合物

ChemComp-V6G:
3-[(1S,2S)-1-(5-[(4S)-2,2-dimethyloxan-4-yl]-2-{(4S)-2-(4-fluoro-3,5-dimethylphenyl)-3-[3-(4-fluoro-1-methyl-1H-indazol-5-yl)-2-oxo-2,3-dihydro-1H-imidazol-1-yl]-4-methyl-2,4,6,7-tetrahydro-5H-pyrazolo[4,3-c]pyridine-5-carbonyl}-1H-indol-1-yl)-2-methylcyclopropyl]-1,2,4-oxadiazol-5(4H)-one

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • lama glama (ラマ)
  • mus musculus (ハツカネズミ)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Class B GPCR / glucagon-like peptide-1 receptor / G protein nucleotide exchange factor.

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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