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タイトルEnhancing glycan occupancy of soluble HIV-1 envelope trimers to mimic the native viral spike.
ジャーナル・号・ページCell Rep, Vol. 35, Issue 1, Page 108933, Year 2021
掲載日2021年4月6日
著者Ronald Derking / Joel D Allen / Christopher A Cottrell / Kwinten Sliepen / Gemma E Seabright / Wen-Hsin Lee / Yoann Aldon / Kimmo Rantalainen / Aleksandar Antanasijevic / Jeffrey Copps / Anila Yasmeen / Albert Cupo / Victor M Cruz Portillo / Meliawati Poniman / Niki Bol / Patricia van der Woude / Steven W de Taeye / Tom L G M van den Kerkhof / P J Klasse / Gabriel Ozorowski / Marit J van Gils / John P Moore / Andrew B Ward / Max Crispin / Rogier W Sanders /
PubMed 要旨Artificial glycan holes on recombinant Env-based vaccines occur when a potential N-linked glycosylation site (PNGS) is under-occupied, but not on their viral counterparts. Native-like SOSIP trimers, ...Artificial glycan holes on recombinant Env-based vaccines occur when a potential N-linked glycosylation site (PNGS) is under-occupied, but not on their viral counterparts. Native-like SOSIP trimers, including clinical candidates, contain such holes in the glycan shield that induce strain-specific neutralizing antibodies (NAbs) or non-NAbs. To eliminate glycan holes and mimic the glycosylation of native BG505 Env, we replace all 12 NxS sequons on BG505 SOSIP with NxT. All PNGS, except N133 and N160, are nearly fully occupied. Occupancy of the N133 site is increased by changing N133 to NxS, whereas occupancy of the N160 site is restored by reverting the nearby N156 sequon to NxS. Hence, PNGS in close proximity, such as in the N133-N137 and N156-N160 pairs, affect each other's occupancy. We further apply this approach to improve the occupancy of several Env strains. Increasing glycan occupancy should reduce off-target immune responses to vaccine antigens.
リンクCell Rep / PubMed:33826885 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度4.5 - 7.1 Å
構造データ

EMDB-22170:
BG505 SOSIPv5.2 in complex with PGT122 and two RM20E1 Fabs
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.2 Å

EMDB-22171:
BG505 SOSIPv5.2 in complex with PGT122 and three RM20E1 Fabs
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.0 Å

EMDB-22172:
C3 symmetric BG505 SOSIPv5.2 in complex with PGT122 and three RM20E1 Fabs
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.5 Å

EMDB-22173:
BG505 SOSIPv5.2 in complex with PGT122 and one RM20E1 Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.2 Å

EMDB-22178:
BG505 SOSIPv5.2 in complex with PGT122 and no RM20E1 Fabs
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.1 Å

EMDB-22179:
C3 symmetric BG505 SOSIPv5.2 in complex with PGT122 and no RM20E1 Fabs
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.0 Å

由来
  • Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
  • Homo sapiens (ヒト)
  • Macaca mulatta (アカゲザル)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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