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タイトルCharacterization of the Core Ribosomal Binding Region for the Oxazolidone Family of Antibiotics Using Cryo-EM.
ジャーナル・号・ページACS Pharmacol Transl Sci, Vol. 3, Issue 3, Page 425-432, Year 2020
掲載日2020年6月12日
著者Alexander Wright / Kieran Deane-Alder / Edward Marschall / Rebecca Bamert / Hari Venugopal / Trevor Lithgow / David W Lupton / Matthew J Belousoff /
PubMed 要旨Linezolid and tedizolid are oxazolidinones with established clinical utility for the treatment of Gram-positive pathogens. Over time it has become apparent that even modest structural changes to the ...Linezolid and tedizolid are oxazolidinones with established clinical utility for the treatment of Gram-positive pathogens. Over time it has become apparent that even modest structural changes to the core phenyl oxazolidinone leads to drastic changes in biological activity. Consequently, the structure-activity relationship around the core oxazolidinone is constantly evolving, often reflected with new structural motifs present in nascent oxazolidinones. Herein we describe the use of cryo-electron microscopy to examine the differences in binding of several functionally different oxazolidinones in the hopes of enhanced understanding of their SAR. Tedizolid, radezolid, T145, and contezolid have been examined within the peptidyl transferase center (PTC) of the 50S ribosomal subunit from methicillin resistant . The ribosome-antibiotic complexes were resolved to a resolution of around 3 Å enabling unambiguous assignment of how each antibiotic interacts with the PTC.
リンクACS Pharmacol Transl Sci / PubMed:32566908 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.9 - 3.2 Å
構造データ

21872

6wqn

EMDB-21872, PDB-6wqn:
Structure of the 50S subunit of the ribosome from Methicillin Resistant Staphylococcus aureus in complex with the antibiotic, contezolid
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

21873

6wqq

EMDB-21873, PDB-6wqq:
Structure of the 50S subunit of the ribosome from Methicillin Resistant Staphylococcus aureus in complex with the antibiotic, radezolid
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

21887

6wrs

EMDB-21887, PDB-6wrs:
Structure of the 50S subunit of the ribosome from Methicillin Resistant Staphylococcus aureus in complex with the antibiotic, tedizolid
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

21888

6wru

EMDB-21888, PDB-6wru:
Structure of the 50S subunit of the ribosome from Methicillin Resistant Staphylococcus aureus in complex with an isomer of the tedizolid
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

化合物

ChemComp-ZC0:
Contezolid / MRX-I

ChemComp-RD8:
Radezolid / 抗生剤*YM / Radezolid

ChemComp-U7V:
Tedizolid / テジゾリド / 抗生剤*YM / Tedizolid

ChemComp-U7Y:
Tedizolid isomer

由来
  • staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / antibiotic (抗生物質) / contezolid / oxazolidinone / radezolid / tedizolid

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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