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Structure paper

タイトルStructural basis for pH gating of the two-pore domain K channel TASK2.
ジャーナル・号・ページNature, Vol. 586, Issue 7829, Page 457-462, Year 2020
掲載日2020年9月30日
著者Baobin Li / Robert A Rietmeijer / Stephen G Brohawn /
PubMed 要旨TASK2 (also known as KCNK5) channels generate pH-gated leak-type K currents to control cellular electrical excitability. TASK2 is involved in the regulation of breathing by chemosensory neurons of ...TASK2 (also known as KCNK5) channels generate pH-gated leak-type K currents to control cellular electrical excitability. TASK2 is involved in the regulation of breathing by chemosensory neurons of the retrotrapezoid nucleus in the brainstem and pH homeostasis by kidney proximal tubule cells. These roles depend on channel activation by intracellular and extracellular alkalization, but the mechanistic basis for TASK2 gating by pH is unknown. Here we present cryo-electron microscopy structures of Mus musculus TASK2 in lipid nanodiscs in open and closed conformations. We identify two gates, distinct from previously observed K channel gates, controlled by stimuli on either side of the membrane. Intracellular gating involves lysine protonation on inner helices and the formation of a protein seal between the cytoplasm and the channel. Extracellular gating involves arginine protonation on the channel surface and correlated conformational changes that displace the K-selectivity filter to render it nonconductive. These results explain how internal and external protons control intracellular and selectivity filter gates to modulate TASK2 activity.
リンクNature / PubMed:32999458 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.45 - 3.52 Å
構造データ

21843

6wlv

EMDB-21843, PDB-6wlv:
TASK2 in MSP1D1 lipid nanodisc at pH 6.5
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.45 Å

21846

6wm0

EMDB-21846, PDB-6wm0:
TASK2 in MSP1D1 lipid nanodisc at pH 8.5
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.52 Å

化合物

ChemComp-K:
Unknown entry / カリウムカチオン

由来
  • mus musculus (ハツカネズミ)
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Potassium ion channel / K2P channel

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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