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Structure paper

タイトルHigh-resolution structures of multiple 5-HTR-setron complexes reveal a novel mechanism of competitive inhibition.
ジャーナル・号・ページElife, Vol. 9, Year 2020
掲載日2020年10月16日
著者Sandip Basak / Arvind Kumar / Steven Ramsey / Eric Gibbs / Abhijeet Kapoor / Marta Filizola / Sudha Chakrapani /
PubMed 要旨Serotonin receptors (5-HTR) play a crucial role in regulating gut movement, and are the principal target of setrons, a class of high-affinity competitive antagonists, used in the management of nausea ...Serotonin receptors (5-HTR) play a crucial role in regulating gut movement, and are the principal target of setrons, a class of high-affinity competitive antagonists, used in the management of nausea and vomiting associated with radiation and chemotherapies. Structural insights into setron-binding poses and their inhibitory mechanisms are just beginning to emerge. Here, we present high-resolution cryo-EM structures of full-length 5-HTR in complex with palonosetron, ondansetron, and alosetron. Molecular dynamic simulations of these structures embedded in a fully-hydrated lipid environment assessed the stability of ligand-binding poses and drug-target interactions over time. Together with simulation results of apo- and serotonin-bound 5-HTR, the study reveals a distinct interaction fingerprint between the various setrons and binding-pocket residues that may underlie their diverse affinities. In addition, varying degrees of conformational change in the setron-5-HTR structures, throughout the channel and particularly along the channel activation pathway, suggests a novel mechanism of competitive inhibition.
リンクElife / PubMed:33063666 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.92 - 3.35 Å
構造データ

21511

6w1j

EMDB-21511, PDB-6w1j:
Cryo-EM structure of 5HT3A receptor in presence of Alosetron
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.92 Å

21512

6w1m

EMDB-21512, PDB-6w1m:
Cryo-EM structure of 5HT3A receptor in presence of Ondansetron
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.06 Å

21518

6w1y

EMDB-21518, PDB-6w1y:
Cryo-EM structure of 5HT3A receptor in presence of Palonosetron
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.35 Å

化合物

ChemComp-S7Y:
alosetron / アロセトロン / アンタゴニスト*YM / Alosetron

ChemComp-CL:
Unknown entry / クロリド / 塩化物

ChemComp-S87:
ondansetron / オンダンセトロン / 薬剤, 化学療法薬*YM / オンダンセトロン

ChemComp-O7B:
(3~{a}~{S})-2-[(3~{S})-1-azabicyclo[2.2.2]octan-3-yl]-3~{a},4,5,6-tetrahydro-3~{H}-benzo[de]isoquinolin-1-one / パロノセトロン / 薬剤, 化学療法薬, アンタゴニスト*YM / パロノセトロン

由来
  • mus musculus (ハツカネズミ)
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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