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Structure paper

タイトルAlternative splicing controls teneurin-latrophilin interaction and synapse specificity by a shape-shifting mechanism.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 11, Issue 1, Page 2140, Year 2020
掲載日2020年5月1日
著者Jingxian Li / Yuan Xie / Shaleeka Cornelius / Xian Jiang / Richard Sando / Szymon P Kordon / Man Pan / Katherine Leon / Thomas C Südhof / Minglei Zhao / Demet Araç /
PubMed 要旨The trans-synaptic interaction of the cell-adhesion molecules teneurins (TENs) with latrophilins (LPHNs/ADGRLs) promotes excitatory synapse formation when LPHNs simultaneously interact with FLRTs. ...The trans-synaptic interaction of the cell-adhesion molecules teneurins (TENs) with latrophilins (LPHNs/ADGRLs) promotes excitatory synapse formation when LPHNs simultaneously interact with FLRTs. Insertion of a short alternatively-spliced region within TENs abolishes the TEN-LPHN interaction and switches TEN function to specify inhibitory synapses. How alternative-splicing regulates TEN-LPHN interaction remains unclear. Here, we report the 2.9 Å resolution cryo-EM structure of the TEN2-LPHN3 complex, and describe the trimeric TEN2-LPHN3-FLRT3 complex. The structure reveals that the N-terminal lectin domain of LPHN3 binds to the TEN2 barrel at a site far away from the alternatively spliced region. Alternative-splicing regulates the TEN2-LPHN3 interaction by hindering access to the LPHN-binding surface rather than altering it. Strikingly, mutagenesis of the LPHN-binding surface of TEN2 abolishes the LPHN3 interaction and impairs excitatory but not inhibitory synapse formation. These results suggest that a multi-level coincident binding mechanism mediated by a cryptic adhesion complex between TENs and LPHNs regulates synapse specificity.
リンクNat Commun / PubMed:32358586 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.97 Å
構造データ

21205

6vhh

EMDB-21205, PDB-6vhh:
Human Teneurin-2 and human Latrophilin-3 binary complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.97 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Adhesion GPCR / synapse / Teneurin / Lphn

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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