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タイトルMolecular basis for specific regulation of neuronal kinesin-3 motors by doublecortin family proteins.
ジャーナル・号・ページMol Cell, Vol. 47, Issue 5, Page 707-721, Year 2012
掲載日2012年9月14日
著者Judy S Liu / Christian R Schubert / Xiaoqin Fu / Franck J Fourniol / Jyoti K Jaiswal / Anne Houdusse / Collin M Stultz / Carolyn A Moores / Christopher A Walsh /
PubMed 要旨Doublecortin (Dcx) defines a growing family of microtubule (MT)-associated proteins (MAPs) involved in neuronal migration and process outgrowth. We show that Dcx is essential for the function of ...Doublecortin (Dcx) defines a growing family of microtubule (MT)-associated proteins (MAPs) involved in neuronal migration and process outgrowth. We show that Dcx is essential for the function of Kif1a, a kinesin-3 motor protein that traffics synaptic vesicles. Neurons lacking Dcx and/or its structurally conserved paralogue, doublecortin-like kinase 1 (Dclk1), show impaired Kif1a-mediated transport of Vamp2, a cargo of Kif1a, with decreased run length. Human disease-associated mutations in Dcx's linker sequence (e.g., W146C, K174E) alter Kif1a/Vamp2 transport by disrupting Dcx/Kif1a interactions without affecting Dcx MT binding. Dcx specifically enhances binding of the ADP-bound Kif1a motor domain to MTs. Cryo-electron microscopy and subnanometer-resolution image reconstruction reveal the kinesin-dependent conformational variability of MT-bound Dcx and suggest a model for MAP-motor crosstalk on MTs. Alteration of kinesin run length by MAPs represents a previously undiscovered mode of control of kinesin transport and provides a mechanism for regulation of MT-based transport by local signals.
リンクMol Cell / PubMed:22857951 / PubMed Central
手法EM (らせん対称) / EM (単粒子)
解像度8.2 - 8.3 Å
構造データ

2095

4atu

EMDB-2095: Cryo-electron microscopy reconstruction of doublecortin-stabilised microtubules in absence of kinesin
PDB-4atu: Human doublecortin N-DC repeat plus linker, and tubulin (2XRP) docked into an 8A cryo-EM map of doublecortin-stabilised microtubules reconstructed in absence of kinesin
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 8.3 Å

2098

4atx

EMDB-2098: Cryo-electron microscopy reconstruction of doublecortin-stabilised microtubules in presence of kinesin
PDB-4atx: Rigor kinesin motor domain with an ordered neck-linker, docked on tubulin dimer, modelled into the 8A cryo-EM map of doublecortin- microtubules decorated with kinesin
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 8.2 Å

化合物

ChemComp-GDP:
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP / GDP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-GTP:
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / GTP, エネルギー貯蔵分子*YM

由来
  • bos taurus (ウシ)
  • homo sapiens (ヒト)
  • rattus norvegicus (ドブネズミ)
キーワードHYDROLASE / MICROTUBULE-ASSOCIATED PROTEIN / MICROTUBULE / NECK-LINKER

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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