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タイトルStructure of the host cell recognition and penetration machinery of a Staphylococcus aureus bacteriophage.
ジャーナル・号・ページPLoS Pathog, Vol. 16, Issue 2, Page e1008314, Year 2020
掲載日2020年2月18日
著者James L Kizziah / Keith A Manning / Altaira D Dearborn / Terje Dokland /
PubMed 要旨Staphylococcus aureus is a common cause of infections in humans. The emergence of virulent, antibiotic-resistant strains of S. aureus is a significant public health concern. Most virulence and ...Staphylococcus aureus is a common cause of infections in humans. The emergence of virulent, antibiotic-resistant strains of S. aureus is a significant public health concern. Most virulence and resistance factors in S. aureus are encoded by mobile genetic elements, and transduction by bacteriophages represents the main mechanism for horizontal gene transfer. The baseplate is a specialized structure at the tip of bacteriophage tails that plays key roles in host recognition, cell wall penetration, and DNA ejection. We have used high-resolution cryo-electron microscopy to determine the structure of the S. aureus bacteriophage 80α baseplate at 3.75 Å resolution, allowing atomic models to be built for most of the major tail and baseplate proteins, including two tail fibers, the receptor binding protein, and part of the tape measure protein. Our structure provides a structural basis for understanding host recognition, cell wall penetration and DNA ejection in viruses infecting Gram-positive bacteria. Comparison to other phages demonstrates the modular design of baseplate proteins, and the adaptations to the host that take place during the evolution of staphylococci and other pathogens.
リンクPLoS Pathog / PubMed:32069326 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.45 - 4.14 Å
構造データ

EMDB-20872: C3 symmetrical reconstruction of the Staphylococcus aureus phage 80alpha baseplate
PDB-6v8i: Composite atomic model of the Staphylococcus aureus phage 80alpha baseplate
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.96 Å

EMDB-20873: C6 symmetrical reconstruction of the Staphylococcus aureus phage 80alpha baseplate
PDB-6v8i: Composite atomic model of the Staphylococcus aureus phage 80alpha baseplate
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.45 Å

EMDB-20874: Lower fiber-focused reconstruction of the Staphylococcus aureus phage 80alpha baseplate
PDB-6v8i: Composite atomic model of the Staphylococcus aureus phage 80alpha baseplate
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.69 Å

EMDB-20875: Upper fiber-focused reconstruction of the Staphylococcus aureus phage 80alpha baseplate
PDB-6v8i: Composite atomic model of the Staphylococcus aureus phage 80alpha baseplate
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.14 Å

EMDB-20876: Receptor binding protein-focused reconstruction of the Staphylococcus aureus phage 80alpha baseplate
PDB-6v8i: Composite atomic model of the Staphylococcus aureus phage 80alpha baseplate
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

化合物

ChemComp-FE:
Unknown entry

由来
  • staphylococcus virus 80alpha (ウイルス)
キーワードVIRAL PROTEIN / phage tail / tail tip / tape measure protein

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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