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Structure paper

タイトルMechanosensitive channel YnaI has lipid-bound extended sensor paddles.
ジャーナル・号・ページCommun Biol, Vol. 4, Issue 1, Page 602, Year 2021
掲載日2021年5月20日
著者Wenxin Hu / Zhiming Wang / Hongjin Zheng /
PubMed 要旨The general mechanism of bacterial mechanosensitive channels (MS) has been characterized by extensive studies on a small conductance channel MscS from Escherichia coli (E. coli). However, recent ...The general mechanism of bacterial mechanosensitive channels (MS) has been characterized by extensive studies on a small conductance channel MscS from Escherichia coli (E. coli). However, recent structural studies on the same channel have revealed controversial roles of various channel-bound lipids in channel gating. To better understand bacterial MscS-like channels, it is necessary to characterize homologs other than MscS. Here, we describe the structure of YnaI, one of the closest MscS homologs in E. coli, in its non-conducting state at 3.3 Å resolution determined by cryo electron microscopy. Our structure revealed the intact membrane sensor paddle domain in YnaI, which was stabilized by functionally important residues H43, Q46, Y50 and K93. In the pockets between sensor paddles, there were clear lipid densities that interact strongly with residues Q100 and R120. These lipids were a mixture of natural lipids but may be enriched in cardiolipin and phosphatidylserine. In addition, residues along the ion-conducting pathway and responsible for the heptameric assembly were discussed. Together with biochemical experiments and mutagenesis studies, our results provide strong support for the idea that the pocket lipids are functionally important for mechanosensitive channels.
リンクCommun Biol / PubMed:34017046 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.27 Å
構造データ

20862

6urt

EMDB-20862, PDB-6urt:
Extended Sensor Paddles with Bound Lipids Revealed in Mechanosensitive Channel YnaI
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.27 Å

化合物

ChemComp-QGD:
O-{(R)-hydroxy[(2R)-3-(icosyloxy)-2-(tetradecanoyloxy)propoxy]phosphoryl}-L-serine

由来
  • Escherichia coli (大腸菌)
  • escherichia coli (strain k12) (大腸菌)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / mechanosensitive channel / Phosphoserine lipid / complete paddle

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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