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タイトルDiverse Antibody Responses to Conserved Structural Motifs in Plasmodium falciparum Circumsporozoite Protein.
ジャーナル・号・ページJ Mol Biol, Vol. 432, Issue 4, Page 1048-1063, Year 2020
掲載日2020年2月14日
著者Tossapol Pholcharee / David Oyen / Jonathan L Torres / Yevel Flores-Garcia / Gregory M Martin / Gonzalo E González-Páez / Daniel Emerling / Wayne Volkmuth / Emily Locke / C Richter King / Fidel Zavala / Andrew B Ward / Ian A Wilson /
PubMed 要旨Malaria vaccine candidate RTS,S/AS01 is based on the central and C-terminal regions of the circumsporozoite protein (CSP) of P. falciparum. mAb397 was isolated from a volunteer in an RTS,S/AS01 ...Malaria vaccine candidate RTS,S/AS01 is based on the central and C-terminal regions of the circumsporozoite protein (CSP) of P. falciparum. mAb397 was isolated from a volunteer in an RTS,S/AS01 clinical trial, and it protects mice from infection by malaria sporozoites. However, mAb397 originates from the less commonly used VH3-15 germline gene compared to the VH3-30/33 antibodies generally elicited by RTS,S to the central NANP repeat region of CSP. The crystal structure of mAb397 with an NPNA peptide shows that the central NPNA forms a type I β-turn and is the main recognition motif. In most anti-NANP antibodies studied to date, a germline-encoded Trp is used to engage the Pro in NPNA β-turns, but here the Trp interacts with the first Asn. This "conserved" Trp, however, can arise from different germline genes and be located in the heavy or the light chain. Variation in the terminal ψ angles of the NPNA β-turns results in different dispositions of the subsequent NPNA and, hence, different stoichiometries and modes of antibody binding to rsCSP. Diverse protective antibodies against NANP repeats are therefore not limited to a single germline gene response or mode of binding.
リンクJ Mol Biol / PubMed:31883801 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度1.75 - 31.0 Å
構造データ

EMDB-20772:
Fab397 in complex with NPNA8 peptide (Class 1)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 24.0 Å

EMDB-20773:
Fab397 in complex with NPNA8 peptide (Class 2)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 21.0 Å

EMDB-20774:
Fab397 in complex with NPNA8 peptide (Class 3)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 27.0 Å

EMDB-20775:
Fab397 in complex with rsCSP (Class 1)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 28.0 Å

EMDB-20776:
Fab397 in complex with rsCSP (Class 2)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 27.0 Å

EMDB-20777:
Fab397 in complex with rsCSP (Class 3)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 28.0 Å

EMDB-20778:
Fab397 in complex with rsCSP (Class 4)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 30.0 Å

EMDB-20779:
Fab397 in complex with rsCSP (Class 5)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 31.0 Å

EMDB-20780:
Fab397 in complex with rsCSP (Class 6)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 31.0 Å

PDB-6uc5:
Fab397 in complex with NPNA peptide
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.75 Å

化合物

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
  • plasmodium falciparum 3d7 (マラリア病原虫)
キーワードIMMUNE SYSTEM / Antibody / Malaria / Circumsporozoite protein / CSP / NANP / NANP repeats / Plasmodium / Plasmodium falciparum

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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