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Structure paper

タイトルStructural basis of temperature sensation by the TRP channel TRPV3.
ジャーナル・号・ページNat Struct Mol Biol, Vol. 26, Issue 11, Page 994-998, Year 2019
掲載日2019年10月21日
著者Appu K Singh / Luke L McGoldrick / Lusine Demirkhanyan / Merfilius Leslie / Eleonora Zakharian / Alexander I Sobolevsky /
PubMed 要旨We present structures of mouse TRPV3 in temperature-dependent open, closed and intermediate states that suggest two-step activation of TRPV3 by heat. During the strongly temperature-dependent first ...We present structures of mouse TRPV3 in temperature-dependent open, closed and intermediate states that suggest two-step activation of TRPV3 by heat. During the strongly temperature-dependent first step, sensitization, the channel pore remains closed while S6 helices undergo α-to-π transitions. During the weakly temperature-dependent second step, channel opening, tight association of the S1-S4 and pore domains is stabilized by changes in the carboxy-terminal and linker domains.
リンクNat Struct Mol Biol / PubMed:31636415 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度4.07 - 5.18 Å
構造データ

20492

6pvl

EMDB-20492, PDB-6pvl:
Cryo-EM structure of mouse TRPV3 in closed state at 42 degrees Celsius
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.4 Å

20493

6pvm

EMDB-20493, PDB-6pvm:
Cryo-EM structure of mouse TRPV3 in putative sensitized state at 42 degrees Celsius
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.5 Å

20494

6pvn

EMDB-20494, PDB-6pvn:
Cryo-EM structure of mouse TRPV3-Y564A in putative sensitized state at 4 degrees Celsius
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.07 Å

20495

6pvo

EMDB-20495, PDB-6pvo:
Cryo-EM structure of mouse TRPV3-Y564A in putative sensitized state at 37 degrees Celsius
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.18 Å

20496

6pvp

EMDB-20496, PDB-6pvp:
Cryo-EM structure of mouse TRPV3-Y564A in open state at 37 degrees Celsius
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.48 Å

20497

6pvq

EMDB-20497, PDB-6pvq:
Cryo-EM structure of mouse TRPV3-Y564A in intermediate state at 37 degrees Celsius
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.75 Å

化合物

ChemComp-NA:
Unknown entry

由来
  • mus musculus (ハツカネズミ)
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Ion Channels / Membrane Protein / TRP Channels

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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