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Structure paper

タイトルSpecificity of an anti-capsid antibody associated with Hepatitis B Virus-related acute liver failure.
ジャーナル・号・ページJ Struct Biol, Vol. 181, Issue 1, Page 53-60, Year 2013
掲載日2012年10月16日
著者Weimin Wu / Zhaochun Chen / Naiqian Cheng / Norman R Watts / Stephen J Stahl / Patrizia Farci / Robert H Purcell / Paul T Wingfield / Alasdair C Steven /
PubMed 要旨Previously, the livers of patients suffering from acute liver failure (ALF), a potentially fatal syndrome arising from infection by Hepatitis B Virus (HBV), were found to contain massive amounts of ...Previously, the livers of patients suffering from acute liver failure (ALF), a potentially fatal syndrome arising from infection by Hepatitis B Virus (HBV), were found to contain massive amounts of an antibody specific for the core antigen (HBcAg) capsid. We have used cryo-electron microscopy and molecular modeling to define its epitope. HBV capsids are icosahedral shells with 25Å-long dimeric spikes, each a 4-helix bundle, protruding from the contiguous "floor". Of the anti-HBcAg antibodies previously characterized, most bind around the spike tip while one binds to the floor. The ALF-associated antibody binds tangentially to a novel site on the side of the spike. This epitope is conformational. The Fab binds with high affinity to its principal determinants but has lower affinities for quasi-equivalent variants. The highest occupancy site is on one side of a spike, with no detectable binding to the corresponding site on the other side. Binding of one Fab per dimer was also observed by analytical ultracentrifugation. The Fab did not bind to the e-antigen dimer, a non-assembling variant of capsid protein. These findings support the propositions that antibodies with particular specificities may correlate with different clinical expressions of HBV infection and that antibodies directed to particular HBcAg epitopes may be involved in ALF pathogenesis.
リンクJ Struct Biol / PubMed:23079477 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度10.0 Å
構造データ

EMDB-2046:
Cryo-electron microscopy study of hepatitis B virus decorated with the antibody E1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 10.0 Å

由来
  • Homo sapiens (ヒト)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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