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タイトルScaffold subunits support associated subunit assembly in the ciliary nexin-dynein regulatory complex.
ジャーナル・号・ページProc Natl Acad Sci U S A, Vol. 116, Issue 46, Page 23152-23162, Year 2019
掲載日2019年11月12日
著者Long Gui / Kangkang Song / Douglas Tritschler / Raqual Bower / Si Yan / Aguang Dai / Katherine Augspurger / Jason Sakizadeh / Magdalena Grzemska / Thomas Ni / Mary E Porter / Daniela Nicastro /
PubMed 要旨The nexin-dynein regulatory complex (N-DRC) in motile cilia and flagella functions as a linker between neighboring doublet microtubules, acts to stabilize the axonemal core structure, and serves as a ...The nexin-dynein regulatory complex (N-DRC) in motile cilia and flagella functions as a linker between neighboring doublet microtubules, acts to stabilize the axonemal core structure, and serves as a central hub for the regulation of ciliary motility. Although the N-DRC has been studied extensively using genetic, biochemical, and structural approaches, the precise arrangement of the 11 (or more) N-DRC subunits remains unknown. Here, using cryo-electron tomography, we have compared the structure of wild-type flagella to that of strains with specific DRC subunit deletions or rescued strains with tagged DRC subunits. Our results show that DRC7 is a central linker subunit that helps connect the N-DRC to the outer dynein arms. DRC11 is required for the assembly of DRC8, and DRC8/11 form a subcomplex in the proximal lobe of the linker domain that is required to form stable contacts to the neighboring B-tubule. Gold labeling of tagged subunits determines the precise locations of the previously ambiguous N terminus of DRC4 and C terminus of DRC5. DRC4 is now shown to contribute to the core scaffold of the N-DRC. Our results reveal the overall architecture of N-DRC, with the 3 subunits DRC1/2/4 forming a core complex that serves as the scaffold for the assembly of the "functional subunits," namely DRC3/5-8/11. These findings shed light on N-DRC assembly and its role in regulating flagellar beating.
リンクProc Natl Acad Sci U S A / PubMed:31659045 / PubMed Central
手法EM (サブトモグラム平均)
解像度26.0 - 40.0 Å
構造データ

EMDB-20338:
The Nexin-dynein Regulatory Complex (N-DRC) from the cryo-electron tomography and subtomographic average of isolated Chlamydomonas wild type axonemes
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 27.0 Å

EMDB-20339:
The Nexin-dynein Regulatory Complex (N-DRC) from the cryo-electron tomography and subtomographic average of isolated Chlamydomonas drc7 axonemes
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 28.0 Å

EMDB-20340:
The Nexin-dynein Regulatory Complex (N-DRC) from the cryo-electron tomography and subtomographic average of isolated Chlamydomonas drc11 axonemes
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 26.0 Å

EMDB-20341:
The Nexin-dynein Regulatory Complex (N-DRC) from the cryo-electron tomography and subtomographic average of isolated Chlamydomonas SNAP-DRC4 axonemes, labeled with streptavidin-nanogold
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 35.0 Å

EMDB-20821:
The Nexin-dynein Regulatory Complex (N-DRC) from the cryo-electron tomography and subtomographic average of isolated Chlamydomonas DRC5-SNAP axonemes, labeled with streptavidin-nanogold
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 40.0 Å

由来
  • Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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