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タイトルT3S injectisome needle complex structures in four distinct states reveal the basis of membrane coupling and assembly.
ジャーナル・号・ページNat Microbiol, Vol. 4, Issue 11, Page 2010-2019, Year 2019
掲載日2019年8月19日
著者Jinhong Hu / Liam J Worrall / Marija Vuckovic / Chuan Hong / Wanyin Deng / Claire E Atkinson / B Brett Finlay / Zhiheng Yu / Natalie C J Strynadka /
PubMed 要旨The bacterial injectisome is a syringe-shaped macromolecular nanomachine utilized by many pathogenic Gram-negative bacteria, including the causative agents of plague, typhoid fever, whooping cough, ...The bacterial injectisome is a syringe-shaped macromolecular nanomachine utilized by many pathogenic Gram-negative bacteria, including the causative agents of plague, typhoid fever, whooping cough, sexually transmitted infections and major nosocomial infections. Bacterial proteins destined for self-assembly and host-cell targeting are translocated by the injectisome in a process known as type III secretion (T3S). The core structure is the ~4 MDa needle complex (NC), built on a foundation of three highly oligomerized ring-forming proteins that create a hollow scaffold spanning the bacterial inner membrane (IM) (24-mer ring-forming proteins PrgH and PrgK in the Salmonella enterica serovar Typhimurium Salmonella pathogenicity island 1 (SPI-1) type III secretion system (T3SS)) and outer membrane (OM) (15-mer InvG, a member of the broadly conserved secretin pore family). An internalized helical needle projects from the NC and bacterium, ultimately forming a continuous passage to the host, for delivery of virulence effectors. Here, we have captured snapshots of the entire prototypical SPI-1 NC in four distinct needle assembly states, including near-atomic resolution, and local reconstructions in the absence and presence of the needle. These structures reveal the precise localization and molecular interactions of the internalized SpaPQR 'export apparatus' complex, which is intimately encapsulated and stabilized within the IM rings in the manner of a nanodisc, and to which the PrgJ rod directly binds and functions as an initiator and anchor of needle polymerization. We also describe the molecular details of the extensive and continuous coupling interface between the OM secretin and IM rings, which is remarkably facilitated by a localized 16-mer stoichiometry in the periplasmic-most coupling domain of the otherwise 15-mer InvG oligomer.
リンクNat Microbiol / PubMed:31427728
手法EM (単粒子)
解像度3.42 - 6.0 Å
構造データ

EMDB-20310: Salmonella SPI-1 injectisome NC-base class 1
PDB-6q14: Structure of the Salmonella SPI-1 injectisome NC-base
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

EMDB-20311:
Salmonella SPI-1 injectisome NC-base class 2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

EMDB-20312: Salmonella SPI-1 injectisome needle complex with assembled needle
PDB-6q15: Structure of the Salmonella SPI-1 injectisome needle complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.15 Å

EMDB-20313:
Salmonella SPI-1 injectisome needle complex with a trapped needle and the InvG secretin periplasmic gate in a partially unlocked state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.75 Å

EMDB-20314:
Salmonella SPI-1 injectisome needle complex with a trapped needle and the InvG secretin periplasmic gate in an unlocked state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.0 Å

EMDB-20315, PDB-6pee:
InvG secretin domain beta-barrel from Salmonella SPI-1 injectisome NC-base
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.42 Å

EMDB-20316, PDB-6pem:
Focussed refinement of InvGN0N1:SpaPQR:PrgHK from Salmonella SPI-1 injectisome NC-base
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

EMDB-20317, PDB-6pep:
Focussed refinement of InvGN0N1:SpaPQR:PrgIJ from the Salmonella SPI-1 injectisome needle complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

EMDB-20556, PDB-6q16:
Focussed refinement of InvGN0N1:PrgHK:SpaPQR:PrgIJ from Salmonella SPI-1 injectisome NC-base
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.1 Å

化合物

ChemComp-LDA:
LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE / ドデシルジメチルアミンオキシド / LDAO, 可溶化剤*YM / Lauryldimethylamine oxide

由来
  • Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. SL1344 (サルモネラ菌)
  • salmonella typhimurium (strain lt2 / sgsc1412 / atcc 700720) (サルモネラ菌)
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Bacterial secretion / type III secretion / outer membrane / secretin (セクレチン) / type III secretion system

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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