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タイトルA helminth enzyme subverts macrophage-mediated immunity by epigenetic targeting of prostaglandin synthesis.
ジャーナル・号・ページSci Immunol, Vol. 9, Issue 102, Page eadl1467, Year 2024
掲載日2024年12月6日
著者Sina Bohnacker / Fiona D R Henkel / Franziska Hartung / Arie Geerlof / Sandra Riemer / Ulrich F Prodjinotho / Eya Ben Salah / André Santos Dias Mourão / Stefan Bohn / Tarvi Teder / Dominique Thomas / Robert Gurke / Christiane Boeckel / Minhaz Ud-Dean / Ann-Christine König / Alessandro Quaranta / Francesca Alessandrini / Antonie Lechner / Benedikt Spitzlberger / Agnieszka M Kabat / Edward Pearce / Jesper Z Haeggström / Stefanie M Hauck / Craig E Wheelock / Per-Johan Jakobsson / Michael Sattler / David Voehringer / Matthias J Feige / Clarissa Prazeres da Costa / Julia Esser-von Bieren /
PubMed 要旨The molecular mechanisms by which worm parasites evade host immunity are incompletely understood. In a mouse model of intestinal helminth infection using (), we show that helminthic glutamate ...The molecular mechanisms by which worm parasites evade host immunity are incompletely understood. In a mouse model of intestinal helminth infection using (), we show that helminthic glutamate dehydrogenase (heGDH) drives parasite chronicity by suppressing macrophage-mediated host defense. Combining RNA-seq, ChIP-seq, and targeted lipidomics, we identify prostaglandin E (PGE) as a major immune regulatory mechanism of heGDH. The induction of PGE and other immunoregulatory factors, including IL-12 family cytokines and indoleamine 2,3-dioxygenase 1, by heGDH required p300-mediated histone acetylation, whereas the enzyme's catalytic activity suppressed the synthesis of type 2-promoting leukotrienes by macrophages via 2-hydroxyglutarate. By contrast, the induction of immunoregulatory factors involved the heGDH N terminus by potentially mediating interactions with cellular targets (CD64 and GPNMB) identified by proteomics. Type 2 cytokines counteracted suppressive effects of heGDH on host defense, indicating that type 2 immunity can limit helminth-driven immune evasion. Thus, helminths harness a ubiquitous metabolic enzyme to epigenetically target type 2 macrophage activation and establish chronicity.
リンクSci Immunol / PubMed:39642243
手法EM (単粒子)
解像度2.56 - 2.69 Å
構造データ

EMDB-18456: CryoEM map of hexamer worm glutamate dehydrogenase
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.62 Å

EMDB-19692: Hexameric worm glutamate dehydrogenase (N-term. deletion 1-33)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.56 Å

EMDB-19693: Hexameric worm glutamate dehydrogenase (C136S)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.69 Å

由来
  • Heligmosomoides bakeri (無脊椎動物)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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