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タイトルTomo Live: an on-the-fly reconstruction pipeline to judge data quality for cryo-electron tomography workflows.
ジャーナル・号・ページActa Crystallogr D Struct Biol, Vol. 80, Issue Pt 4, Page 247-258, Year 2024
掲載日2024年4月1日
著者Maxime Comet / Patricia M Dijkman / Reint Boer Iwema / Tilman Franke / Simonas Masiulis / Ruud Schampers / Oliver Raschdorf / Fanis Grollios / Edward E Pryor / Ieva Drulyte /
PubMed 要旨Data acquisition and processing for cryo-electron tomography can be a significant bottleneck for users. To simplify and streamline the cryo-ET workflow, Tomo Live, an on-the-fly solution that ...Data acquisition and processing for cryo-electron tomography can be a significant bottleneck for users. To simplify and streamline the cryo-ET workflow, Tomo Live, an on-the-fly solution that automates the alignment and reconstruction of tilt-series data, enabling real-time data-quality assessment, has been developed. Through the integration of Tomo Live into the data-acquisition workflow for cryo-ET, motion correction is performed directly after each of the acquired tilt angles. Immediately after the tilt-series acquisition has completed, an unattended tilt-series alignment and reconstruction into a 3D volume is performed. The results are displayed in real time in a dedicated remote web platform that runs on the microscope hardware. Through this web platform, users can review the acquired data (aligned stack and 3D volume) and several quality metrics that are obtained during the alignment and reconstruction process. These quality metrics can be used for fast feedback for subsequent acquisitions to save time. Parameters such as Alignment Accuracy, Deleted Tilts and Tilt Axis Correction Angle are visualized as graphs and can be used as filters to export only the best tomograms (raw data, reconstruction and intermediate data) for further processing. Here, the Tomo Live algorithms and workflow are described and representative results on several biological samples are presented. The Tomo Live workflow is accessible to both expert and non-expert users, making it a valuable tool for the continued advancement of structural biology, cell biology and histology.
リンクActa Crystallogr D Struct Biol / PubMed:38512070 / PubMed Central
手法EM (トモグラフィー)
構造データ

EMDB-19666: Cryo-electron tomogram of apoferritin
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-19667: Cryo-electron tomogram of keyhole limpet hemocyanin
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-19668: Cryo-electron tomogram of TGEV virions
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-19669: Cryo-electron tomogram of Influenza virions
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-19670: Cryo-electron tomogram of Magnetospirillum gryphiswaldense
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-19671: In situ cryo-electron tomogram of Saccharomyces cerevisiae
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-19672: Cryo-electron tomogram of keyhole limpet hemocyanin (stage position)
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-19673: Cryo-electron tomogram of keyhole limpet hemocyanin (3 um image shift)
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-19674: Cryo-electron tomogram of keyhole limpet hemocyanin (6 um image shift)
手法: EM (トモグラフィー)

由来
  • Mus musculus (ハツカネズミ)
  • Megathura crenulata (無脊椎動物)
  • Magnetospirillum gryphiswaldense MSR-1 (走磁性)
  • Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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