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Structure paper

タイトルCryo-electron tomography reveals how COPII assembles on cargo-containing membranes.
ジャーナル・号・ページNat Struct Mol Biol, Vol. 32, Issue 3, Page 513-519, Year 2025
掲載日2024年11月7日
著者Euan Pyle / Elizabeth A Miller / Giulia Zanetti /
PubMed 要旨Proteins traverse the eukaryotic secretory pathway through membrane trafficking between organelles. The coat protein complex II (COPII) mediates the anterograde transport of newly synthesized ...Proteins traverse the eukaryotic secretory pathway through membrane trafficking between organelles. The coat protein complex II (COPII) mediates the anterograde transport of newly synthesized proteins from the endoplasmic reticulum, engaging cargoes with a wide range of size and biophysical properties. The native architecture of the COPII coat and how cargo might influence COPII carrier morphology remain poorly understood. Here we reconstituted COPII-coated membrane carriers using purified Saccharomyces cerevisiae proteins and cell-derived microsomes as a native membrane source. Using cryo-electron tomography with subtomogram averaging, we demonstrate that the COPII coat binds cargo and forms largely spherical vesicles from native membranes. We reveal the architecture of the inner and outer coat layers and shed light on how spherical carriers are formed. Our results provide insights into the architecture and regulation of the COPII coat and advance our current understanding of how membrane curvature is generated.
リンクNat Struct Mol Biol / PubMed:39511455 / PubMed Central
手法EM (サブトモグラム平均)
解像度4.13 - 35.0 Å
構造データ

EMDB-19410: COPII inner coat with Sed5 cargo bound
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 4.13 Å

EMDB-19414: COPII outer coat rod on tubules
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 8.7 Å

EMDB-19416: COPII outer coat vertex from coated tubules
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 9.7 Å

EMDB-19417: COPII inner coat on vesicles
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 14.4 Å

EMDB-19418: COPII outer coat vertex on vesicles
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 11.4 Å

EMDB-19421: COPII outer coat rods on vesicles
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 10.85 Å

EMDB-19879: COPII coat on native membranes - 5-way vertex
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 35.0 Å

由来
  • Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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