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タイトルStructure of native photosystem II assembly intermediate from .
ジャーナル・号・ページFront Plant Sci, Vol. 14, Page 1334608, Year 2023
掲載日2024年1月23日
著者Mariia Fadeeva / Daniel Klaiman / Eaazhisai Kandiah / Nathan Nelson /
PubMed 要旨 Photosystem II (PSII) is a dimer consisting of at least 13 nuclear-encoded and four chloroplast-encoded protein subunits that collectively function as a sunlight-driven oxidoreductase. In this ... Photosystem II (PSII) is a dimer consisting of at least 13 nuclear-encoded and four chloroplast-encoded protein subunits that collectively function as a sunlight-driven oxidoreductase. In this study, we present the inaugural structure of a green alga PSII assembly intermediate (pre-PSII-int). This intermediate was isolated from chloroplast membranes of the temperature-sensitive mutant TSP4, cultivated for 14 hours at a non-permissive temperature. The assembly state comprises a monomer containing subunits A, B, C, D, E, F, H, I, K, and two novel assembly factors, Psb1 and Psb2. Psb1 is identified as a novel transmembrane helix located adjacent to PsbE and PsbF (cytochrome b559). The absence of PsbJ, typically found in mature PSII close to this position, indicates that Psb1 functions as an assembly factor. Psb2 is an eukaryotic homolog of the cyanobacterial assembly factor Psb27. The presence of iron, coupled with the absence of Q, Q, and the manganese cluster, implies a protective mechanism against photodamage and provides insights into the intricate assembly process.
リンクFront Plant Sci / PubMed:38322422 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.9 Å
構造データ

EMDB-18848: Cryo-EM Structure of native Photosystem II assembly intermediate fromChlamydomonas reinhardtii
PDB-8r2i: Cryo-EM Structure of native Photosystem II assembly intermediate from Chlamydomonas reinhardtii
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

化合物

ChemComp-FE2:
Unknown entry

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A / クロロフィルa

ChemComp-PHO:
PHEOPHYTIN A / 132α-(メトキシカルボニル)-31,32-ジデヒ(以下略) / フェオフィチン

ChemComp-BCR:
BETA-CAROTENE / β-カロチン / Β-カロテン

ChemComp-BOG:
octyl beta-D-glucopyranoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド / 可溶化剤*YM / Octyl glucoside

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

ChemComp-LMT:
DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド / 可溶化剤*YM

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / リン脂質*YM / Phosphatidylglycerol

ChemComp-DGD:
DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

ChemComp-BCT:
BICARBONATE ION / 炭酸水素アニオン / pH緩衝剤*YM / 炭酸水素塩

ChemComp-PL9:
2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE / プラストキノン

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Heme B

ChemComp-HOH:
WATER /

由来
  • chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
キーワードPHOTOSYNTHESIS (光合成) / Photosystem II (光化学系II) / biogenesis of PSII / assembly intermediate / CryoEM (低温電子顕微鏡法) / assembly factor / Chlamydomonas reinhardtii

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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