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タイトルStructural characterization of the oligomerization of full-length Hantaan virus polymerase into symmetric dimers and hexamers.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 15, Issue 1, Page 2256, Year 2024
掲載日2024年3月13日
著者Quentin Durieux Trouilleton / Dominique Housset / Paco Tarillon / Benoît Arragain / Hélène Malet /
PubMed 要旨Hantaan virus is a dangerous human pathogen whose segmented negative-stranded RNA genome is replicated and transcribed by a virally-encoded multi-functional polymerase. Here we describe the complete ...Hantaan virus is a dangerous human pathogen whose segmented negative-stranded RNA genome is replicated and transcribed by a virally-encoded multi-functional polymerase. Here we describe the complete cryo-electron microscopy structure of Hantaan virus polymerase in several oligomeric forms. Apo polymerase protomers can adopt two drastically different conformations, which assemble into two distinct symmetric homodimers, that can themselves gather to form hexamers. Polymerase dimerization induces the stabilization of most polymerase domains, including the C-terminal domain that contributes the most to dimer's interface, along with a lariat region that participates to the polymerase steadying. Binding to viral RNA induces significant conformational changes resulting in symmetric oligomer disruption and polymerase activation, suggesting the possible involvement of apo multimers as protecting systems that would stabilize the otherwise flexible C-terminal domains. Overall, these results provide insights into the multimerization capability of Hantavirus polymerase and may help to define antiviral compounds to counteract these life-threatening viruses.
リンクNat Commun / PubMed:38480734 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.6 - 3.6 Å
構造データ

EMDB-18343, PDB-8qe5:
Apo Hantaan virus polymerase in monomeric state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.6 Å

EMDB-18390, PDB-8qgt:
5'vRNA-bound Hantaan virus polymerase in monomeric intermediate state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

EMDB-18391: Chimeric map of apo Hantaan virus polymerase in dimeric state
PDB-8qgu: Apo Hantaan virus polymerase in dimeric state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.03 Å

EMDB-18392: Hantaan virus polymerase Apo Dimer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.03 Å

EMDB-18393: Focused map used to visualize the endonuclease of Hantaan virus polymerase apo dimer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.12 Å

EMDB-18394: Focused map of Hantaan virus polymerase dimer used to refine the cap-binding domain
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

EMDB-18397, PDB-8qh3:
5'vRNA-bound Hantaan virus polymerase in monomeric active state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.81 Å

EMDB-18405: Cryo-EM map focused on the external protomers and one internal protomer of Hantaan virus polymerase hexamer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

EMDB-18406: Cryo-EM of Hantaan virus polymerase in hexameric state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.24 Å

EMDB-18408: Chimeric cryo-EM map of Hantaan virus polymerase in hexameric state
PDB-8qhd: Hantaan virus polymerase in hexameric state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

由来
  • hantaan virus 76-118 (ウイルス)
キーワードVIRAL PROTEIN / Bunyavirus / Hantaan virus / polymerase / dimer

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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