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Structure paper

タイトルStructural mechanism of outer kinetochore Dam1-Ndc80 complex assembly on microtubules.
ジャーナル・号・ページScience, Vol. 382, Issue 6675, Page 1184-1190, Year 2023
掲載日2023年12月8日
著者Kyle W Muir / Christopher Batters / Tom Dendooven / Jing Yang / Ziguo Zhang / Alister Burt / David Barford /
PubMed 要旨Kinetochores couple chromosomes to the mitotic spindle to segregate the genome during cell division. An error correction mechanism drives the turnover of kinetochore-microtubule attachments until ...Kinetochores couple chromosomes to the mitotic spindle to segregate the genome during cell division. An error correction mechanism drives the turnover of kinetochore-microtubule attachments until biorientation is achieved. The structural basis for how kinetochore-mediated chromosome segregation is accomplished and regulated remains an outstanding question. In this work, we describe the cryo-electron microscopy structure of the budding yeast outer kinetochore Ndc80 and Dam1 ring complexes assembled onto microtubules. Complex assembly occurs through multiple interfaces, and a staple within Dam1 aids ring assembly. Perturbation of key interfaces suppresses yeast viability. Force-rupture assays indicated that this is a consequence of impaired kinetochore-microtubule attachment. The presence of error correction phosphorylation sites at Ndc80-Dam1 ring complex interfaces and the Dam1 staple explains how kinetochore-microtubule attachments are destabilized and reset.
リンクScience / PubMed:38060647 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.15 - 4.11 Å
構造データ

18246

8q84

EMDB-18246, PDB-8q84:
Outer kinetochore Dam1 protomer dimer Ndc80-Nuf2 coiled-coil complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.15 Å

18247

8q85

EMDB-18247, PDB-8q85:
Outer kinetochore Dam1 protomer monomer Ndc80-Nuf2 coiled-coil complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.97 Å

EMDB-18485: Ndc80c microtubule complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.11 Å

由来
  • saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
キーワードCELL CYCLE / Kinetochore / microtubule / error correction / chromosome segregation

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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