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Structure paper

タイトルStructure and function of the III-IV-cyt supercomplex.
ジャーナル・号・ページProc Natl Acad Sci U S A, Vol. 120, Issue 46, Page e2307697120, Year 2023
掲載日2023年11月14日
著者Agnes Moe / Anna-Roza Dimogkioka / Doron Rapaport / Linda Näsvik Öjemyr / Peter Brzezinski /
PubMed 要旨The respiratory chain in aerobic organisms is composed of a number of membrane-bound protein complexes that link electron transfer to proton translocation across the membrane. In mitochondria, the ...The respiratory chain in aerobic organisms is composed of a number of membrane-bound protein complexes that link electron transfer to proton translocation across the membrane. In mitochondria, the final electron acceptor, complex IV (CIV), receives electrons from dimeric complex III (CIII), via a mobile electron carrier, cytochrome . In the present study, we isolated the CIIICIV supercomplex from the fission yeast and determined its structure with bound cyt. using single-particle electron cryomicroscopy. A respiratory supercomplex factor 2 was found to be bound at CIV distally positioned in the supercomplex. In addition to the redox-active metal sites, we found a metal ion, presumably Zn, coordinated in the CIII subunit Cor1, which is encoded by the same gene () as the mitochondrial-processing peptidase subunit β. Our data show that the isolated CIIICIV supercomplex displays proteolytic activity suggesting a dual role of CIII in . As in the supercomplex from , subunit Cox5 of CIV faces towards one CIII monomer, but in the two complexes are rotated relative to each other by ~45°. This orientation yields equal distances between the cyt. binding sites at CIV and at each of the two CIII monomers. The structure shows cyt. bound at four positions, but only along one of the two symmetrical branches. Overall, this combined structural and functional study reveals the integration of peptidase activity with the CIII respiratory system and indicates a two-dimensional cyt. diffusion mechanism within the CIII-CIV supercomplex.
リンクProc Natl Acad Sci U S A / PubMed:37939086 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.3 - 4.2 Å
構造データ

18062

8q1b

EMDB-18062, PDB-8q1b:
III2-IV1 respiratory supercomplex from S. pombe
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-18063: Local refinement of CIII2 from S. pombe
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

EMDB-18064: Local refinement of CIV from S. pombe
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-CDL:
CARDIOLIPIN / リン脂質*YM

ChemComp-PCF:
1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSHOCHOLINE

ChemComp-PEF:
DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / DPPE / リン脂質*YM

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

ChemComp-U10:
UBIQUINONE-10 / 2-(3,7,11,15,19,23,27,31,35,39-デカメチルテトラコンタ-2,6,10,14,18,22,(以下略)

ChemComp-HEC:
HEME C

ChemComp-FES:
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

ChemComp-HEA:
HEME-A

ChemComp-CU:
COPPER (II) ION

ChemComp-CA:
Unknown entry / カルシウムジカチオン

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-CUA:
DINUCLEAR COPPER ION

由来
  • schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Supercomplex / respiration

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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