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タイトルCryo-EM structures of type IV pili complexed with nanobodies reveal immune escape mechanisms.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 15, Issue 1, Page 2414, Year 2024
掲載日2024年3月18日
著者David Fernandez-Martinez / Youxin Kong / Sylvie Goussard / Agustin Zavala / Pauline Gastineau / Martial Rey / Gabriel Ayme / Julia Chamot-Rooke / Pierre Lafaye / Matthijn Vos / Ariel Mechaly / Guillaume Duménil /
PubMed 要旨Type IV pili (T4P) are prevalent, polymeric surface structures in pathogenic bacteria, making them ideal targets for effective vaccines. However, bacteria have evolved efficient strategies to evade ...Type IV pili (T4P) are prevalent, polymeric surface structures in pathogenic bacteria, making them ideal targets for effective vaccines. However, bacteria have evolved efficient strategies to evade type IV pili-directed antibody responses. Neisseria meningitidis are prototypical type IV pili-expressing Gram-negative bacteria responsible for life threatening sepsis and meningitis. This species has evolved several genetic strategies to modify the surface of its type IV pili, changing pilin subunit amino acid sequence, nature of glycosylation and phosphoforms, but how these modifications affect antibody binding at the structural level is still unknown. Here, to explore this question, we determine cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of pili of different sequence types with sufficiently high resolution to visualize posttranslational modifications. We then generate nanobodies directed against type IV pili which alter pilus function in vitro and in vivo. Cyro-EM in combination with molecular dynamics simulation of the nanobody-pilus complexes reveals how the different types of pili surface modifications alter nanobody binding. Our findings shed light on the impressive complementarity between the different strategies used by bacteria to avoid antibody binding. Importantly, we also show that structural information can be used to make informed modifications in nanobodies as countermeasures to these immune evasion mechanisms.
リンクNat Commun / PubMed:38499587 / PubMed Central
手法EM (らせん対称)
解像度2.51 - 3.15 Å
構造データ

17375

8p2v

EMDB-17375, PDB-8p2v:
Neisseria meningitidis Type IV pilus SB-GATDH variant
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 2.99 Å

17384

8p36

EMDB-17384, PDB-8p36:
Neisseria meningitidis Type IV pilus SB-DATDH variant
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 2.51 Å

17386

8p3b

EMDB-17386, PDB-8p3b:
Neisseria meningitidis Type IV pilus SA-GATDH variant
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.15 Å

17683

8pij

EMDB-17683, PDB-8pij:
Neisseria meningitidis Type IV pilus SB-GATDH variant bound to the C24 nanobody
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 2.9 Å

17695

8piz

EMDB-17695, PDB-8piz:
Neisseria meningitidis Type IV pilus SB-DATDH variant bound to the C24 nanobody
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 2.75 Å

17718

8pjp

EMDB-17718, PDB-8pjp:
Neisseria meningitidis PilE, SB-GATDH variant, bound to the F10 nanobody
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 2.92 Å

化合物

ChemComp-G3P:
SN-GLYCEROL-3-PHOSPHATE / L-グリセロ-ル3-りん酸


化合物 画像なし

ChemComp-WKE:
Unknown entry

ChemComp-B6D:
2,4-bisacetamido-2,4,6-trideoxy-beta-D-glucopyranose

由来
  • neisseria meningitidis 8013 (髄膜炎菌)
  • vicugna pacos (アルパカ)
キーワードPROTEIN FIBRIL / Pilin / Extracellular / Adhesion / Aggregation / Pilus

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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