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タイトルMethionine aminopeptidase 2 and its autoproteolysis product have different binding sites on the ribosome.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 15, Issue 1, Page 716, Year 2024
掲載日2024年1月24日
著者Marius A Klein / Klemens Wild / Miglė Kišonaitė / Irmgard Sinning /
PubMed 要旨Excision of the initiator methionine is among the first co-translational processes that occur at the ribosome. While this crucial step in protein maturation is executed by two types of methionine ...Excision of the initiator methionine is among the first co-translational processes that occur at the ribosome. While this crucial step in protein maturation is executed by two types of methionine aminopeptidases in eukaryotes (MAP1 and MAP2), additional roles in disease and translational regulation have drawn more attention to MAP2. Here, we report several cryo-EM structures of human and fungal MAP2 at the 80S ribosome. Irrespective of nascent chains, MAP2 can occupy the tunnel exit. On nascent chain displaying ribosomes, the MAP2-80S interaction is highly dynamic and the MAP2-specific N-terminal extension engages in stabilizing interactions with the long rRNA expansion segment ES27L. Loss of this extension by autoproteolytic cleavage impedes interactions at the tunnel, while promoting MAP2 to enter the ribosomal A-site, where it engages with crucial functional centers of translation. These findings reveal that proteolytic remodeling of MAP2 severely affects ribosome binding, and set the stage for targeted functional studies.
リンクNat Commun / PubMed:38267453 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度1.3 - 3.1 Å
構造データ

17002

8ony

EMDB-17002, PDB-8ony:
Human Methionine Aminopeptidase 2 at the 80S ribosome
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.92 Å

17003

8onz

EMDB-17003, PDB-8onz:
Chaetomium thermophilum Methionine Aminopeptidase 2 at the 80S ribosome
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.94 Å

17004

8oo0

EMDB-17004, PDB-8oo0:
Chaetomium thermophilum Methionine Aminopeptidase 2 autoproteolysis product at the 80S ribosome
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

PDB-8onx:
High resolution structure of Chaetomium thermophilum MAP2
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.3 Å

化合物

ChemComp-MN:
Unknown entry

ChemComp-HOH:
WATER / 水

ChemComp-CO:
Unknown entry

ChemComp-ZN:
Unknown entry

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • thermochaetoides thermophila (菌類)
  • thermochaetoides thermophila dsm 1495 (菌類)
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Ribosome Associated Factor / Protease (プロテアーゼ) / Tunnel exit / Protein Maturation / Proteostasis / NME / p67 / MAP / MetAP / MAP2 / MetAP2 / ES27L / PTE / A-site / Factor binding site / Decoding center / p26 / Autoproteolysis

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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