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タイトルTranslation dynamics in human cells visualized at high resolution reveal cancer drug action.
ジャーナル・号・ページScience, Vol. 381, Issue 6653, Page 70-75, Year 2023
掲載日2023年7月7日
著者Huaipeng Xing / Reiya Taniguchi / Iskander Khusainov / Jan Philipp Kreysing / Sonja Welsch / Beata Turoňová / Martin Beck /
PubMed 要旨Ribosomes catalyze protein synthesis by cycling through various functional states. These states have been extensively characterized in vitro, but their distribution in actively translating human ...Ribosomes catalyze protein synthesis by cycling through various functional states. These states have been extensively characterized in vitro, but their distribution in actively translating human cells remains elusive. We used a cryo-electron tomography-based approach and resolved ribosome structures inside human cells with high resolution. These structures revealed the distribution of functional states of the elongation cycle, a Z transfer RNA binding site, and the dynamics of ribosome expansion segments. Ribosome structures from cells treated with Homoharringtonine, a drug used against chronic myeloid leukemia, revealed how translation dynamics were altered in situ and resolve the small molecules within the active site of the ribosome. Thus, structural dynamics and drug effects can be assessed at high resolution within human cells.
リンクScience / PubMed:37410833
手法EM (サブトモグラム平均)
解像度3.1 - 18.1 Å
構造データ

EMDB-16721: Human 80S ribosome in untreated cells
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-16722: Human 80S ribosome in HHT-treated cells
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-16725: Human 80S ribosome at the 'eEF1A, A/T, P' state in cells
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-16726: Human 80S ribosome at the 'A/T, P' state in untreated cells
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 8.3 Å

EMDB-16727: Human 80S ribosome at the 'eEF2, ap/P, pe/E' state in untreated cells
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 9.6 Å

EMDB-16728: Human 80S ribosome at the 'eEF1A, A/T, P, E' state in untreated cells
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 9.4 Å

EMDB-16733: Human 80S ribosome at the 'eEF2' state in untreated cells
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 11.7 Å

EMDB-16734: Human 80S ribosome at the 'P' state in untreated cells
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 14.7 Å

EMDB-16735: Human 80S ribosome at the 'A, P' state in untreated cells
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 5.0 Å

EMDB-16736: Human 80S ribosome at the 'eEF1A, A/T, P, Z' state in untreated cells
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 16.4 Å

EMDB-16737: Human di-ribosome in untreated cells
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 18.1 Å

EMDB-16738: Human 80S ribosome with ES27L at conformation 1 in untreated cells
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 6.6 Å

EMDB-16739: Human 80S ribosome with ES27L at conformation 2 in untreated cells
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 13.7 Å

EMDB-16740: Human 80S ribosome with ES27L at conformation 3 in untreated cells
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 6.9 Å

EMDB-16741: Human 80S ribosome with ES27L at conformation 4 in untreated cells
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 4.4 Å

EMDB-16742: Human 80S ribosome with ES27L at conformation 5 in untreated cells
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 3.6 Å

EMDB-16743: Human 60S in the cytoplasm of untreated cells
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 10.0 Å

EMDB-16744: Human 80S ribosome at the 'eEF2' state in HHT-treated cells
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 3.7 Å

EMDB-16747: Human 80S ribosome at the 'A, P' state in HHT-treated cells
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 4.4 Å

EMDB-16748: Human 80S ribosome at the 'P' state in HHT-treated cells
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 8.5 Å

EMDB-16749: Human 80S ribosome at the 'eEF1A, A/T, P, Z' state in HHT-treated cells
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 8.2 Å

EMDB-16750: Human 80S ribosome at the 'A/T, P, Z' state in HHT-treated cells
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 11.5 Å

EMDB-16751: Human 80S ribosome at the potential 'Compact eEF2, A, P' state in HHT-treated cells
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 11.1 Å

EMDB-16752: Human 80S ribosome with ES27L at conformation 1 in HHT-treated cells
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 4.0 Å

EMDB-16754: Human 80S ribosome with ES27L at conformation 5 in HHT-treated cells
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 3.8 Å

EMDB-16755: Human 80S ribosome with ES27L at conformation 6 in HHT-treated cells
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 11.0 Å

EMDB-16756: Human 80S ribosome with ES27L at conformation 7 in HHT-treated cells
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 4.1 Å

EMDB-16757: Human 60S associated with eIF6 in the cytoplasm of HHT-treated cells
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 4.2 Å

由来
  • Homo sapiens (ヒト)
  • Homo (哺乳類)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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