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Structure paper

タイトルStructures of active Hantaan virus polymerase uncover the mechanisms of Hantaviridae genome replication.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 14, Issue 1, Page 2954, Year 2023
掲載日2023年5月23日
著者Quentin Durieux Trouilleton / Sergio Barata-García / Benoît Arragain / Juan Reguera / Hélène Malet /
PubMed 要旨Hantaviruses are causing life-threatening zoonotic infections in humans. Their tripartite negative-stranded RNA genome is replicated by the multi-functional viral RNA-dependent RNA-polymerase. Here ...Hantaviruses are causing life-threatening zoonotic infections in humans. Their tripartite negative-stranded RNA genome is replicated by the multi-functional viral RNA-dependent RNA-polymerase. Here we describe the structure of the Hantaan virus polymerase core and establish conditions for in vitro replication activity. The apo structure adopts an inactive conformation that involves substantial folding rearrangement of polymerase motifs. Binding of the 5' viral RNA promoter triggers Hantaan virus polymerase reorganization and activation. It induces the recruitment of the 3' viral RNA towards the polymerase active site for prime-and-realign initiation. The elongation structure reveals the formation of a template/product duplex in the active site cavity concomitant with polymerase core widening and the opening of a 3' viral RNA secondary binding site. Altogether, these elements reveal the molecular specificities of Hantaviridae polymerase structure and uncover the mechanisms underlying replication. They provide a solid framework for future development of antivirals against this group of emerging pathogens.
リンクNat Commun / PubMed:37221161 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.14 - 3.36 Å
構造データ

16427

8c4s

EMDB-16427, PDB-8c4s:
Apo Hantaan virus polymerase core
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.27 Å

16428

8c4t

EMDB-16428, PDB-8c4t:
Hantaan virus polymerase bound to its 5' viral RNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.23 Å

16429

8c4u

EMDB-16429, PDB-8c4u:
Hantaan virus polymerase in replication pre-initiation state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.36 Å

16430

8c4v

EMDB-16430, PDB-8c4v:
Hantaan virus polymerase in replication elongation state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.14 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

由来
  • hantaan virus 76-118 (ウイルス)
キーワードVIRAL PROTEIN / Polymerase / replication / bunyavirus

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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