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タイトルStructure of tetrameric forms of the serotonin-gated 5-HT3 receptor ion channel.
ジャーナル・号・ページEMBO J, Vol. 43, Issue 20, Page 4451-4471, Year 2024
掲載日2024年9月4日
著者Bianca Introini / Wenqiang Cui / Xiaofeng Chu / Yingyi Zhang / Ana Catarina Alves / Luise Eckhardt-Strelau / Sabrina Golusik / Menno Tol / Horst Vogel / Shuguang Yuan / Mikhail Kudryashev /
PubMed 要旨Multimeric membrane proteins are produced in the endoplasmic reticulum and transported to their target membranes which, for ion channels, is typically the plasma membrane. Despite the availability of ...Multimeric membrane proteins are produced in the endoplasmic reticulum and transported to their target membranes which, for ion channels, is typically the plasma membrane. Despite the availability of many fully assembled channel structures, our understanding of assembly intermediates, multimer assembly mechanisms, and potential functions of non-standard assemblies is limited. We demonstrate that the pentameric ligand-gated serotonin 5-HT3A receptor (5-HT3AR) can assemble to tetrameric forms and report the structures of the tetramers in plasma membranes of cell-derived microvesicles and in membrane memetics using cryo-electron microscopy and tomography. The tetrameric structures have near-symmetric transmembrane domains, and asymmetric extracellular domains, and can bind serotonin molecules. Computer simulations, based on our cryo-EM structures, were used to decipher the assembly pathway of pentameric 5-HT3R and suggest a potential functional role for the tetrameric receptors.
リンクEMBO J / PubMed:39232129 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / EM (サブトモグラム平均)
解像度3.5 - 25.2 Å
構造データ

16384

8c1w

EMDB-16384, PDB-8c1w:
Tetrameric 5-HT3A receptor in Salipro (apo, asymmetric)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

16385

8c1z

EMDB-16385, PDB-8c1z:
Tetrameric 5-HT3aR in Salipro (apo state, symmetric)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

16386

8c20

EMDB-16386, PDB-8c20:
Tetrameric 5-HT3aR in Salipro (holo state, symmetric)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

16387

8c21

EMDB-16387, PDB-8c21:
Tetrameric 5-HT3A receptor in Salipro (holo, asymmetric)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

EMDB-19419: sub-tomogram averaging results of tetrameric 5-HT3A receptor on cell-derived vesicles
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 25.2 Å

EMDB-19420: Sub-tomogram averaging results of pentameric 5-HT3A receptor on cell-derived vesicles
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 19.6 Å

化合物

ChemComp-SRO:
SEROTONIN / セロトニン / 神経伝達物質*YM

由来
  • mus musculus (ハツカネズミ)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / 5-HT3R / Serotonin / receptor / tetramer / ion channel / ion channel MEMBRANE PROTEIN

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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