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タイトルRegulatory sites of CaM-sensitive adenylyl cyclase AC8 revealed by cryo-EM and structural proteomics.
ジャーナル・号・ページEMBO Rep, Vol. 25, Issue 3, Page 1513-1540, Year 2024
掲載日2024年2月13日
著者Basavraj Khanppnavar / Dina Schuster / Pia Lavriha / Federico Uliana / Merve Özel / Ved Mehta / Alexander Leitner / Paola Picotti / Volodymyr M Korkhov /
PubMed 要旨Membrane adenylyl cyclase AC8 is regulated by G proteins and calmodulin (CaM), mediating the crosstalk between the cAMP pathway and Ca signalling. Despite the importance of AC8 in physiology, the ...Membrane adenylyl cyclase AC8 is regulated by G proteins and calmodulin (CaM), mediating the crosstalk between the cAMP pathway and Ca signalling. Despite the importance of AC8 in physiology, the structural basis of its regulation by G proteins and CaM is not well defined. Here, we report the 3.5 Å resolution cryo-EM structure of the bovine AC8 bound to the stimulatory Gαs protein in the presence of Ca/CaM. The structure reveals the architecture of the ordered AC8 domains bound to Gαs and the small molecule activator forskolin. The extracellular surface of AC8 features a negatively charged pocket, a potential site for unknown interactors. Despite the well-resolved forskolin density, the captured state of AC8 does not favour tight nucleotide binding. The structural proteomics approaches, limited proteolysis and crosslinking mass spectrometry (LiP-MS and XL-MS), allowed us to identify the contact sites between AC8 and its regulators, CaM, Gαs, and Gβγ, as well as to infer the conformational changes induced by these interactions. Our results provide a framework for understanding the role of flexible regions in the mechanism of AC regulation.
リンクEMBO Rep / PubMed:38351373 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.38 - 4.13 Å
構造データ

EMDB-16249: Structure of Adenylyl cyclase 8 bound to stimulatory G protein, Forskolin, ATPalphaS, and Ca2+/Calmodulin in lipid nanodisc
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.97 Å

16252

8buz

EMDB-16252, PDB-8buz:
Structure of Adenylyl cyclase 8 bound to stimulatory G-protein, Ca2+/Calmodulin, Forskolin and MANT-GTP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

EMDB-16253: Focused refinement of soluble domain of Adenylyl cyclase 8 bound to stimulatory G-protein, Ca2+/Calmodulin, Forskolin and MANT-GTP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.38 Å

EMDB-16254: Focused refinement of transmembrane domain of Adenylyl cyclase 8 bound to stimulatory G-protein, Ca2+/Calmodulin, Forskolin and MANT-GTP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.13 Å

16255

8bv5

EMDB-16255, PDB-8bv5:
Focus refinement of soluble domain of Adenylyl cyclase 8 bound to stimulatory G protein, Forskolin, ATPalphaS, and Ca2+/Calmodulin in lipid nanodisc conditions
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.54 Å

化合物

ChemComp-FOK:
FORSKOLIN / ホルスコリン

ChemComp-GSP:
5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE / GTP-γ-S

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

由来
  • bos taurus (ウシ)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Adenylyl Cyclase / cAMP signaling / G proteins / Calmodulin

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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