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タイトルDNA-origami-directed virus capsid polymorphism.
ジャーナル・号・ページNat Nanotechnol, Vol. 18, Issue 10, Page 1205-1212, Year 2023
掲載日2023年7月17日
著者Iris Seitz / Sharon Saarinen / Esa-Pekka Kumpula / Donna McNeale / Eduardo Anaya-Plaza / Vili Lampinen / Vesa P Hytönen / Frank Sainsbury / Jeroen J L M Cornelissen / Veikko Linko / Juha T Huiskonen / Mauri A Kostiainen /
PubMed 要旨Viral capsids can adopt various geometries, most iconically characterized by icosahedral or helical symmetries. Importantly, precise control over the size and shape of virus capsids would have ...Viral capsids can adopt various geometries, most iconically characterized by icosahedral or helical symmetries. Importantly, precise control over the size and shape of virus capsids would have advantages in the development of new vaccines and delivery systems. However, current tools to direct the assembly process in a programmable manner are exceedingly elusive. Here we introduce a modular approach by demonstrating DNA-origami-directed polymorphism of single-protein subunit capsids. We achieve control over the capsid shape, size and topology by employing user-defined DNA origami nanostructures as binding and assembly platforms, which are efficiently encapsulated within the capsid. Furthermore, the obtained viral capsid coatings can shield the encapsulated DNA origami from degradation. Our approach is, moreover, not limited to a single type of capsomers and can also be applied to RNA-DNA origami structures to pave way for next-generation cargo protection and targeting strategies.
リンクNat Nanotechnol / PubMed:37460794 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度4.3 - 10.2 Å
構造データ

16076

8bi4

EMDB-16076, PDB-8bi4:
Helical shell of CCMV capsid protein on DNA origami 6HB-2k
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.3 Å

EMDB-16077: Inner helical shell of CCMV capsid protein on DNA origami 6HB-10k
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.3 Å

EMDB-16078: Outer helical shell of CCMV capsid protein on DNA origami 6HB-10k
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.0 Å

EMDB-16079: Helical shell cap of CCMV capsid protein on DNA origami 6HB-2k
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.8 Å

EMDB-16080: Helical shell of CCMV capsid protein on DNA origami 24HB-2.5k
手法: EM (単粒子) / 解像度: 10.2 Å

由来
  • cowpea chlorotic mottle virus (ウイルス)
キーワードVIRUS LIKE PARTICLE / origami / capsid

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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