[日本語] English
万見文献
- EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース -

+
検索条件

キーワード
構造解析手法
著者・登録者
ジャーナル
IF

-
Structure paper

タイトルSepN is a septal junction component required for gated cell-cell communication in the filamentous cyanobacterium Nostoc.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 13, Issue 1, Page 7486, Year 2022
掲載日2022年12月5日
著者Ann-Katrin Kieninger / Piotr Tokarz / Ana Janović / Martin Pilhofer / Gregor L Weiss / Iris Maldener /
PubMed 要旨Multicellular organisms require controlled intercellular communication for their survival. Strains of the filamentous cyanobacterium Nostoc regulate cell-cell communication between sister cells via a ...Multicellular organisms require controlled intercellular communication for their survival. Strains of the filamentous cyanobacterium Nostoc regulate cell-cell communication between sister cells via a conformational change in septal junctions. These multi-protein cell junctions consist of a septum spanning tube with a membrane-embedded plug at both ends, and a cap covering the plug on the cytoplasmic side. The identities of septal junction components are unknown, with exception of the protein FraD. Here, we identify and characterize a FraD-interacting protein, SepN, as the second component of septal junctions in Nostoc. We use cryo-electron tomography of cryo-focused ion beam-thinned cyanobacterial filaments to show that septal junctions in a sepN mutant lack a plug module and display an aberrant cap. The sepN mutant exhibits highly reduced cell-cell communication rates, as shown by fluorescence recovery after photobleaching experiments. Furthermore, the mutant is unable to gate molecule exchange through septal junctions and displays reduced filament survival after stress. Our data demonstrate the importance of controlling molecular diffusion between cells to ensure the survival of a multicellular organism.
リンクNat Commun / PubMed:36470860 / PubMed Central
手法EM (サブトモグラム平均) / EM (トモグラフィー)
解像度21.0 - 51.0 Å
構造データ

EMDB-16012: Subtomogram average of septal junctions from Nostoc PCC 7120 in the open state
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 21.0 Å

EMDB-16033: Subtomogram average of septal junctions from Nostoc PCC 7120 in the closed state
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 24.0 Å

EMDB-16034: Subtomogram average of septal junctions from sepN mutant
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 35.0 Å

EMDB-16053: Subtomogram average of septal junctions from sepN-sfgfp mutant
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 41.0 Å

EMDB-16054: Subtomogram average of septal junctions from sepN-mbp-sfgfp mutant
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 51.0 Å

EMDB-16061: Electron cryotomogram of septal region from FIB milled filament of Nostoc sp. PCC 7120 sepN-mbp-sfgfp mutant
手法: EM (トモグラフィー)

由来
  • Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (バクテリア)

+
万見文献について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る