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Structure paper

タイトルThe molecular structure of IFT-A and IFT-B in anterograde intraflagellar transport trains.
ジャーナル・号・ページNat Struct Mol Biol, Vol. 30, Issue 5, Page 584-593, Year 2023
掲載日2023年1月2日
著者Samuel E Lacey / Helen E Foster / Gaia Pigino /
PubMed 要旨Anterograde intraflagellar transport (IFT) trains are essential for cilia assembly and maintenance. These trains are formed of 22 IFT-A and IFT-B proteins that link structural and signaling cargos to ...Anterograde intraflagellar transport (IFT) trains are essential for cilia assembly and maintenance. These trains are formed of 22 IFT-A and IFT-B proteins that link structural and signaling cargos to microtubule motors for import into cilia. It remains unknown how the IFT-A/-B proteins are arranged into complexes and how these complexes polymerize into functional trains. Here we use in situ cryo-electron tomography of Chlamydomonas reinhardtii cilia and AlphaFold2 protein structure predictions to generate a molecular model of the entire anterograde train. We show how the conformations of both IFT-A and IFT-B are dependent on lateral interactions with neighboring repeats, suggesting that polymerization is required to cooperatively stabilize the complexes. Following three-dimensional classification, we reveal how IFT-B extends two flexible tethers to maintain a connection with IFT-A that can withstand the mechanical stresses present in actively beating cilia. Overall, our findings provide a framework for understanding the fundamental processes that govern cilia assembly.
リンクNat Struct Mol Biol / PubMed:36593313 / PubMed Central
手法EM (サブトモグラム平均)
解像度9.9 - 20.7 Å
構造データ

15977

8bd7

EMDB-15977: IFTB1 subcomplex of anterograde intraflagellar transport trains (Chlamydomonas reinhardtii)
PDB-8bd7: IFTB1 subcomplex of anterograde Intraflagellar transport trains (Chlamydomonas reinhardtii)
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 9.9 Å

EMDB-15978: Masked refinement of the IFTB1 subcomplex within anterograde intraflagellar trains in Chlamydomonas reinhardtii cilia
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 9.9 Å

EMDB-15979: Masked refinement of the IFTB2 subcomplex within anterograde intraflagellar trains in Chlamydomonas reinhardtii cilia
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 11.5 Å

15980

8bda

EMDB-15980: IFTA complex in anterograde Intraflagellar transport trains (Chlamydomonas reinhardtii)
PDB-8bda: IFTA complex in anterograde intraflagellar transport trains (Chlamydomonas reinhardtii)
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 20.7 Å

EMDB-16014: Subtomogram average of complete IFTB complex (before focussed refinements of IFTB1/2) for consensus map generation
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 14.1 Å

由来
  • chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Cilia / IFT / Intraflagellar / transport

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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